+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k9z | ||||||
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Title | STRUCTURE OF URIDYLYLTRANSFERASE MUTANT | ||||||
Components | Galactose-1-phosphate uridylyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / half-barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information UDP-glucose:hexose-1-phosphate uridylyltransferase activity / galactose catabolic process via UDP-galactose / nucleotide binding / zinc ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.78 Å | ||||||
Authors | Sakuraba, H. / Ohshida, T. / Yoneda, K. / Ohshima, T. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2020 Title: Unique active site formation in a novel galactose 1-phosphate uridylyltransferase from the hyperthermophilic archaeon Pyrobaculum aerophilum. Authors: Ohshida, T. / Hayashi, J. / Yoneda, K. / Ohshima, T. / Sakuraba, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6k9z.cif.gz | 263.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6k9z.ent.gz | 211.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6k9z.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6k9z_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6k9z_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 6k9z_validation.xml.gz | 28.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6k9z_validation.cif.gz | 39.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k9z | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6k5zSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 36172.668 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: H140F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrobaculum aerophilum str. IM2 (archaea) Strain: IM2 / Gene: PAE1184 / Plasmid: pET11a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q8ZXN7 |
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-Non-polymers , 5 types, 332 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: PEG 600, calcium acetate, cacodylate buffer, UDP-Glu |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 30, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.78→50 Å / Num. obs: 68099 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.596 / Net I/σ(I): 6.8 / Num. measured all: 465036 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6k5z Resolution: 1.78→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.638 / SU ML: 0.077 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.101 Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 198.25 Å2 / Biso mean: 25.418 Å2 / Biso min: 5.93 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.78→47.76 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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