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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k92 | ||||||
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タイトル | Pyridoxal Kinase from Leishmania donovani in complex with ADP and Ginkgotoxin | ||||||
要素 | Pyridoxal kinase, putative | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Nucleotide binding / ATP binding / Kinase activity / Metal binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridoxal kinase activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / pyridoxal kinase / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Are, S. / Gatreddi, S. / Qureshi, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020 タイトル: Structural attributes and substrate specificity of pyridoxal kinase from Leishmania donovani. 著者: Are, S. / Gatreddi, S. / Jakkula, P. / Qureshi, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k92.cif.gz | 132.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k92.ent.gz | 98.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k92.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6k92_validation.pdf.gz | 5.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6k92_full_validation.pdf.gz | 5.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6k92_validation.xml.gz | 24 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6k92_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k92 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k9/6k92 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 35341.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Leishmania donovani (strain BPK282A1) (ドノバンリーシュマニア) 株: BPK282A1 / 遺伝子: LDBPK_301310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9BLM4 |
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-非ポリマー , 6種, 238分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.3 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 16% PEG 8000, 0.1M Sodium Cacodylate, 0.32M Calcium Acetate, 6% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→35.76 Å / Num. obs: 47360 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / Num. unique obs: 2821 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→35.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.689 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.132 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.379 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→35.57 Å
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拘束条件 |
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