[日本語] English
万見
- PDB-6k8e: Global regulatory element SarX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8e
タイトルGlobal regulatory element SarX
要素HTH-type transcriptional regulator SarX
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Global regulatory element / DNA-binding / transcriptional contral
機能・相同性Transcriptional regulator SarA/Rot / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / 細胞質 / HTH-type transcriptional regulator SarX
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Wang, Q.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31130018 中国
National Natural Science Foundation of China31370732 中国
National Natural Science Foundation of China31270014 中国
National Natural Science Foundation of ChinaU1432107 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SarX from Staphylococcus aureus
著者: Wang, Q.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator SarX
D: HTH-type transcriptional regulator SarX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6122
ポリマ－30,6122
非ポリマー00
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, SarX proteins could be cross-linked into homodimers in solution environment
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.405, 33.405, 231.006
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator SarX / Staphylococcal accessory regulator X


分子量: 15305.761 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sarX, SAOUHSC_00674 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2G0D1
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1M Bicine pH 9.0, 2% 1,4-Dioxane, 10% PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 17045 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 19.26
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique obs: 1745 / Rsym value: 0.597 / % possible all: 99.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HS5

5hs5


解像度: 2.002→33.405 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2662 856 5.05 %
Rwork0.2168 --
obs0.2193 16940 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→33.405 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1891 0 0 53 1944
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9762554
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.878758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072293
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.002-2.12740.30731450.24842688X-RAY DIFFRACTION100
2.1274-2.29160.32111340.24832670X-RAY DIFFRACTION100
2.2916-2.52220.34621320.25952696X-RAY DIFFRACTION100
2.5222-2.8870.29921590.2562655X-RAY DIFFRACTION100
2.887-3.63660.28291460.2342693X-RAY DIFFRACTION100
3.6366-33.40960.22181400.18412682X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.2534 Å / Origin y: 12.4363 Å / Origin z: 16.9006 Å
111213212223313233
T0.2688 Å20.0109 Å20.0024 Å2-0.2964 Å2-0.0029 Å2--0.3915 Å2
L0.8039 °20.2333 °20.9199 °2-0.9714 °2-0.9181 °2--8.3773 °2
S-0.0265 Å °0.1795 Å °-0.0975 Å °0.1635 Å °-0.0095 Å °0.0758 Å °-0.3741 Å °0.3513 Å °0.0279 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る