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- PDB-6k8c: Crystal structure of Helicobacter pylori folylpolyglutamate synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8c
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori folylpolyglutamate synthetase
要素Folylpolyglutamate synthase (FolC)
キーワードLIGASE / Folylpolyglutamate synthetase / Dihydropteroate synthetase / FolC / Bifunctional FolC
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydrofolate synthase / dihydrofolate synthase activity / folic acid-containing compound biosynthetic process / tetrahydrofolylpolyglutamate synthase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Folylpolyglutamate synthetase / Mur ligase, C-terminal / Mur ligase, C-terminal domain superfamily / Mur ligase, glutamate ligase domain / Mur ligase, central / Mur-like, catalytic domain superfamily / Mur ligase middle domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / tetrahydrofolate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95174964908 Å
データ登録者Park, J.S. / Han, B.W.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2013M3A6A4043695 韓国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Structural Analyses of Helicobacter Pylori FolC Conducting Glutamation in Folate Metabolism.
著者: Park, J.S. / Kim, H.S. / Park, S.H. / Park, M.S. / Kang, S.-M. / Kim, H.-J. / Han, B.W.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Folylpolyglutamate synthase (FolC)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2973
ポリマ－46,0131
非ポリマー2842
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.454, 61.637, 69.743
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.962, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Folylpolyglutamate synthase (FolC)


分子量: 46013.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (ピロリ菌)
遺伝子: HP_1545 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O26070, tetrahydrofolate synthase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: PEG 3350, ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97951 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 36178 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 33.8943026253 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 26.5
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 4.24 / Num. unique obs: 1800 / CC1/2: 0.962 / Rpim(I) all: 0.169 / Rrim(I) all: 0.463 / Χ2: 1.093 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95174964908→29.9363061017 Å / SU ML: 0.189827748035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33481014704 / 位相誤差: 23.5747107896
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219420757096 1808 4.99847944486 %
Rwork0.18422746775 --
obs0.185993051755 36171 98.7631061599 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.2176693653 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95174964908→29.9363061017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3029 0 19 314 3362
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003632615771913102
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6395756445964179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0440257098043477
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00376088054472528
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.740400260751879
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95174964908-2.00450.2562645657781360.239183028432258297.3844500179
2.0045-2.06350.2962995993811400.222938992789264899.2170818505
2.0635-2.13010.2463140691131380.218049115815263999.3559928444
2.1301-2.20620.2549619467851410.208894737595266299.432422845
2.2062-2.29450.2514301526361370.198580348744262999.5680345572
2.2945-2.39890.2779985613711400.207748263625266099.7150997151
2.3989-2.52530.2486711953171410.204954534669266199.8218738867
2.5253-2.68340.2314447538731410.200854540699267599.8227578873
2.6834-2.89040.2352655708131400.200249735229266899.9288256228
2.8904-3.1810.2214971301661400.198210918193266399.9643366619
3.181-3.64060.2349591790761420.178720317029268599.682651622
3.6406-4.58410.1662184291261380.154445484406264097.7480647431
4.58410.1951144406191340.164299983973255192.490527041

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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