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- PDB-6k3j: Solution structure of APOBEC3G-CD2 with ssDNA, Product A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k3j
タイトルSolution structure of APOBEC3G-CD2 with ssDNA, Product A
要素
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')
  • DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
キーワードHYDROLASE/DNA / APOBEC3G / DNA cytidine deaminase complex with DNA / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / : / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / cytidine deamination / base conversion or substitution editing / single-stranded DNA cytosine deaminase / DNA cytosine deamination / : / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / negative regulation of viral process / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / retrotransposon silencing / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / P-body / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Cao, C. / Yan, X. / Lan, W. / Wang, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)21778065 中国
引用ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2019
タイトル: Structural Investigations on the Interactions between Cytidine Deaminase Human APOBEC3G and DNA.
著者: Yan, X. / Lan, W. / Wang, C. / Cao, C.
履歴
登録2019年5月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3343
ポリマ－25,2692
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2860 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13260 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / ...APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein 9 / ARP-9 / CEM-15 / CEM15 / Deoxycytidine deaminase / A3G


分子量: 22161.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HC16, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 3106.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113anisotropic13D HNCO
123anisotropic13D HNCA
133anisotropic13D HN(CO)CA
143anisotropic13D HN(CA)CB
151anisotropic12D 1H-15N HSQC
162anisotropic43D 1H-13C NOESY aliphatic
172anisotropic43D 1H-13C NOESY aromatic
181anisotropic23D 1H-15N NOESY
192anisotropic43D (H)CCH-TOCSY
1141anisotropic23D 1H-15N TOCSY
1102anisotropic42D 1H-13C HSQC aliphatic
1112anisotropic42D 1H-13C HSQC aromatic
1124anisotropic32D DQF-COSY
1134anisotropic32D 1H-1H TOCSY
1154anisotropic32D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3G, 0.525 mM DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3'), 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3G, 0.525 mM DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3'), 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 100% D2O13C,15N_sample_2100% D2O
solution30.35 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3G, 0.525 mM DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3'), 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 50 uM ZINC ION, 90% H2O/10% D2O13C,15N,2H_sample90% H2O/10% D2O
solution41 mM DNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3'), 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OssDNA90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMDNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3G[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.525 mMDNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')natural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
50 uMZINC IONnatural abundance1
0.35 mMDNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3G[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.525 mMDNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')natural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
50 uMZINC IONnatural abundance2
0.35 mMDNA dC->dU-editing enzyme APOBEC3G[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
0.525 mMDNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')natural abundance3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
50 uMZINC IONnatural abundance3
1 mMDNA (5'-D(*AP*TP*TP*CP*UP*(IUR)P*AP*AP*TP*T)-3')natural abundance4
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
50 mMsodium chloridenatural abundance4
試料状態イオン強度: 150 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9004
Varian UNITYVarianUNITY6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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