PDB-6k30: Binding pose 2 of 2-CF3 bound AsqJ complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k30

タイトル

Binding pose 2 of 2-CF3 bound AsqJ complex

要素

Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ

キーワード

OXIDOREDUCTASE / 2-CF3 binding

機能・相同性

機能・相同性情報

(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.684 Å

データ登録者

Liao, H.J. / Chan, N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Binding pose 2 of 2-CF3 bound AsqJ complex
著者: Liao, H.J. / Chan, N.L.

履歴

登録	2019年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k30.cif.gz	130.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k30.ent.gz	100.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/6k30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/6k30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5dap-d 5y7t-d 5daw-d 5y7r-d 5dax-d 6eoz-d 6jzm-d 6k0f-d 5zz2-d 5oa8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.224, 118.434, 67.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-504- HOH

#1: タンパク質	Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J 分子量: 36107.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CV3 / (3~{Z})-4-methyl-3-[[4-(trifluoromethyl)phenyl]methylidene]-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione 分子量: 346.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₃F₃N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2M potassium sodium tartrate tetrahydrate 0.1M Tris, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→30 Å / Num. obs: 8426 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 2.68→2.78 Å / Num. unique obs: 771

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.684→29.617 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2503	857	10.19 %
R_work	0.1674	-	-
obs	0.1762	8413	99.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.684→29.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2218	0	34	13	2265

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2304
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.197	3145
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.965	1887
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	409

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6843-2.8524	0.391	132	0.2651	1182	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8524-3.0724	0.3468	141	0.2451	1249	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0724-3.3812	0.3103	146	0.2023	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3812-3.8695	0.2775	140	0.1724	1273	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8695-4.8717	0.2063	141	0.1238	1271	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8717-29.6193	0.1819	157	0.1367	1331	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8459	-1.6892	-0.3414	6.258	0.7122	3.4521	-0.1416	0.5107	0.0692	-0.4472	-0.0753	1.0185	-0.2486	-0.4644	0.186	0.2178	0.0708	-0.0592	0.468	0.0914	0.4564	10.2263	26.7828	-19.8091
2	9.212	-6.9261	7.9852	5.6343	-7.0035	9.4837	-0.0544	-0.4392	-1.1313	0.1905	0.1563	0.3592	0.3307	-0.4077	-0.1988	0.4214	-0.0993	0.0105	0.4798	0.0557	0.5468	11.0973	4.8994	-8.013
3	7.5317	-0.1202	6.3402	1.8611	-1.1913	8.3628	-0.0364	-1.4692	-0.4938	0.3584	-0.1391	0.1306	0.4983	-0.3333	0.24	0.5096	-0.0141	-0.0017	0.577	0.1283	0.2938	26.1754	12.2131	3.5305
4	3.3787	-1.1071	0.0863	3.9387	-3.7145	3.8078	-0.0332	0.1377	-0.5421	-0.5001	-0.1533	0.2873	0.2814	-0.4233	-0.0029	0.3125	-0.0483	-0.0024	0.4174	0.0086	0.3795	18.4618	5.838	-16.0697
5	4.7199	0.9531	0.2155	4.0394	-0.1745	0.2045	-0.0866	0.4624	0.1116	-0.1329	0.1162	0.213	-0.3247	-0.2921	-0.0237	0.2589	0.0981	0.0123	0.4091	0.0908	0.2484	22.2383	18.7178	-19.6561
6	8.3765	-0.3205	-1.7547	0.8074	1.1566	2.5469	0.2665	-0.5489	0.2591	-0.028	-0.0147	0.0495	0.084	0.288	-0.2641	0.2876	0.035	-0.0295	0.2152	-0.0387	0.2605	25.4625	26.2086	-8.4745
7	3.6718	-0.8274	-0.4978	4.365	-0.1436	6.6905	0.1213	-0.4223	0.4059	0.3326	0.0261	0.3281	-0.4216	-0.4164	-0.1119	0.2245	0.0528	-0.023	0.3033	-0.0344	0.2968	14.2943	26.4521	-5.9785
8	6.6354	3.1358	1.4343	4.695	-2.2647	4.7378	-0.1576	-0.0898	-0.6394	-0.2558	0.0201	-0.1043	0.6401	0.1839	0.1041	0.3229	0.0339	0.0804	0.3109	-0.0946	0.3056	28.4267	6.7037	-19.0547
9	5.4589	-0.3431	-1.8366	1.6256	-2.2574	3.9228	-0.2748	0.6167	-0.4993	-0.108	0.0914	0.1344	0.3727	0.0443	0.1716	0.3039	-0.0217	-0.0332	0.4281	-0.1396	0.3439	34.6153	7.5472	-27.9327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 9 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 41 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 58 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 81 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 98 through 124 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 125 through 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 233 through 260 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 261 through 295 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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