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万見
- PDB-6k2k: Solution structure of MUL1-RING domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k2k
タイトルSolution structure of MUL1-RING domain
要素Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Solution structure / E3 ubiquitin ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of defense response to virus by host / negative regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of protein sumoylation / positive regulation of type 2 mitophagy / mitochondrial fission / regulation of mitochondrion organization ...regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / negative regulation of defense response to virus by host / negative regulation of mitochondrial fusion / mitochondrion localization / positive regulation of dendrite extension / positive regulation of protein sumoylation / positive regulation of type 2 mitophagy / mitochondrial fission / regulation of mitochondrion organization / SUMO transferase activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / positive regulation of mitochondrial fission / cellular response to exogenous dsRNA / protein sumoylation / regulation of mitochondrial membrane potential / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of innate immune response / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / KEAP1-NFE2L2 pathway / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / p53 binding / peroxisome / Neddylation / mitochondrial outer membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / protein stabilization / axon / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
E3 Ubiquitin ligase MUL1-like / E3 Ubiquitin ligase / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lee, M.S. / Lee, M.K. / Ryu, K.S. / Chi, S.W.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Solution structure of MUL1-RING domain and its interaction with p53 transactivation domain.
著者: Lee, M.S. / Lee, S.O. / Lee, M.K. / Yi, G.S. / Lee, C.K. / Ryu, K.S. / Chi, S.W.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3823
ポリマ－6,2511
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3850 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1 / E3 SUMO-protein ligase MUL1 / E3 ubiquitin-protein ligase MUL1 / Growth inhibition and death E3 ...E3 SUMO-protein ligase MUL1 / E3 ubiquitin-protein ligase MUL1 / Growth inhibition and death E3 ligase / Mitochondrial-anchored protein ligase / MAPL / Putative NF-kappa-B-activating protein 266 / RING finger protein 218 / RING-type E3 ubiquitin transferase NFKB 1


分子量: 6251.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MUL1, C1orf166, GIDE, MAPL, MULAN, RNF218 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969V5, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D CCH-TOCSY
181isotropic13D (H)CCH-COSY
191isotropic13D CC(CO)NH
1101isotropic13D HBHA(CO)NH
1111isotropic13D (HB)CB(CGCD)HD
1121isotropic13D HBCBCGCDHDHE
1131isotropic13D NOESY
1141anisotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.9 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1, 90% H2O/10% D2O
詳細: 13C, 15N-labeled MUL1-RING domain / Label: 13C, 15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.9 mM
構成要素: Mitochondrial ubiquitin ligase activator of NFKB 1
Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態詳細: 50 mM MES, pH 6.5, 50 mM NaCl, 5 microM Zinc sulfate, 10 mM dithiothreitol (DTT), and 10 % (v/v) D2O
イオン強度: 50 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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