PDB-6k1o: Apo form of a putative cystathionine gamma-lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k1o

タイトル

Apo form of a putative cystathionine gamma-lyase

要素

Cystathionine gamma-lyase

キーワード

LYASE / CSE / CGL / biomineralization / quantum dots / CdS / BIOSYNTHETIC PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.033 Å

データ登録者

Chen, S. / Wang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of cystathionine gamma-lyase smCSE enables aqueous metal quantum dot biosynthesis.
著者: Wang, Y. / Chen, H. / Huang, Z. / Yang, M. / Yu, H. / Peng, M. / Yang, Z. / Chen, S.

履歴

登録	2019年5月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k1o.cif.gz	553.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k1o.ent.gz	456.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k1lC 6k1mC 6k1nC 2nmpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kgz-1 4q31-1 5tsu-1 4ixs-1 6ovg-2 1n8p-d 4ixz-d 3e6g-d 5eig-2 6ldo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine gamma-lyase

B: Cystathionine gamma-lyase

C: Cystathionine gamma-lyase

D: Cystathionine gamma-lyase

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.747, 154.303, 158.995
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cystathionine gamma-lyase 分子量: 41702.551 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (strain R551-3) (バクテリア) 株: R551-3 / 遺伝子: Smal_0489 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B4SII9, cystathionine gamma-lyase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 200 mM Calcium acetate, 100 mM Tris pH 7.0, 5 mM 3-cyano-L-alanine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→100 Å / Num. obs: 97813 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4713 / CC_1/2: 0.618 / R_pim(I) all: 0.563 / R_rim(I) all: 1.295 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMP

2nmp

解像度: 2.033→33.422 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	1994	2.05 %
R_work	0.1885	-	-
obs	0.1896	97492	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.033→33.422 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10883	0	0	575	11458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11113
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.063	15094
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.116	6625
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1778
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1950

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0325-2.0833	0.3024	134	0.284	6210	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0833-2.1396	0.3474	137	0.2575	6790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1396-2.2026	0.3112	135	0.2471	6762	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2026-2.2737	0.3642	147	0.2789	6794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2737-2.3549	0.2862	141	0.2178	6767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3549-2.4492	0.2731	142	0.2075	6837	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4492-2.5606	0.284	142	0.2041	6821	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5606-2.6955	0.2978	144	0.1984	6865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6955-2.8643	0.269	139	0.197	6814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8643-3.0854	0.2815	146	0.1966	6915	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0854-3.3956	0.2366	144	0.1866	6887	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3956-3.8863	0.2331	144	0.172	6970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8863-4.8939	0.1884	146	0.1436	6941	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8939-33.4269	0.1802	153	0.1707	7125	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2453	0.1743	0.1231	0.2337	-0.1503	0.2352	-0.0023	-0.0127	-0.0362	0.1698	0.0267	-0.0495	-0.0338	0.2982	-0	0.2104	-0.0412	-0.0305	0.3414	-0.0308	0.3016	36.9228	8.1206	-4.0147
2	0.281	0.0756	-0.0736	0.2858	0.0492	0.5987	0.0743	-0.0453	0.0727	0.0626	-0.0555	-0.0766	-0.258	0.1479	-0.0017	0.2708	-0.0977	-0.0084	0.256	-0.019	0.2518	34.9837	21.2619	-6.0502
3	0.1119	0.0252	0.0516	0.1196	0.0265	0.0266	0.0283	-0.1237	-0.0353	-0.0072	0.02	0.1473	-0.2628	-0.1921	0.0001	0.3442	0.0608	0.0589	0.3506	-0.0099	0.3175	16.0582	26.0135	-13.1083
4	0.0284	0.0054	0.0018	0.0154	0.0005	0.0047	0.0282	-0.012	0.1502	0.0333	0.0226	0.0528	0.0781	-0.121	-0.0001	0.3291	-0.0206	0.0137	0.2828	0.0194	0.3447	13.1586	-4.1667	-13.7319
5	0.0059	0.0307	-0.0079	0.0291	-0.0514	0.0516	0.0238	0.0219	0.0431	0.1234	0.0203	-0.0046	0.2156	0.081	-0.0002	0.2558	0.0142	-0.057	0.2363	-0.0212	0.2483	26.7341	-5.736	7.8155
6	0.1262	0.1783	0.1439	0.2609	0.1953	0.6573	0.0329	-0.0303	-0.0179	0.0497	0.0738	-0.0226	0.2061	0.1488	0.0015	0.3158	0.0572	-0.034	0.1826	-0.0131	0.1966	26.3535	-19.3836	5.2222
7	0.0843	-0.0156	0.0461	0.0528	-0.0383	0.0357	0.0539	0.0098	0.0114	0.0335	0.0254	0.0535	-0.0371	0.7183	0.0014	0.4569	0.0267	-0.0419	0.5854	-0.0865	0.2898	40.9928	-26.0154	-1.0255
8	0.0079	-0.0087	0.0057	0.0067	-0.0059	0.0025	-0.0917	0.0121	0.0488	-0.0113	-0.021	-0.0861	-0.0874	0.1527	0	0.4867	0.097	-0.0641	0.3929	-0.0242	0.3961	38.7433	-24.1201	-18.7825
9	-0.0087	-0.0001	0.0005	0.0642	-0.0199	0.0514	0.0418	0.0993	0.0068	-0.0507	0.0156	-0.0941	0.0618	0.1723	-0	0.2778	0.0784	0.0081	0.287	-0.0512	0.2659	34.6176	-15.5875	-31.7786
10	0.023	-0.0197	0.0175	0.0318	0.0049	0.0157	0.0249	0.1611	0.0026	0.0871	0.02	0.2696	0.2506	0.0124	0.0002	0.4916	0.0124	0.0278	0.3015	-0.0049	0.3363	18.0052	-20.9429	-50.6573
11	0.066	-0.009	0.0174	0.0804	-0.0195	0.0582	0.067	0.0269	-0.0249	-0.0712	0.0564	-0.0542	0.3164	-0.0194	0	0.4647	0.0482	-0.006	0.291	-0.0563	0.2974	22.0204	-32.4236	-42.1696
12	0.0584	-0.0585	0.1296	0.1352	-0.0984	0.4196	0.0327	-0.0053	-0.0413	0.065	-0.0166	-0.0415	0.2873	0.0077	0	0.3291	0.005	0.0046	0.2044	-0.0289	0.2366	20.0263	-26.3328	-28.6589
13	0.0876	0.0514	-0.007	0.0957	0.0149	0.0339	0.0128	0.1551	0.0762	-0.0613	-0.0222	0.0803	-0.0323	-0.2736	-0.0002	0.3355	-0.0113	-0.074	0.3827	0.0324	0.3149	2.0633	-22.6385	-27.5624
14	0.1004	0.0602	0.0957	0.0994	-0.0274	0.1527	0.0275	0.0779	-0.0338	0.0629	-0	0.0814	-0.0029	-0.0675	-0	0.2036	0.0187	0.0348	0.2119	0.0018	0.2314	19.208	3.6845	-33.0916
15	0.018	-0.0376	-0.0111	0.0542	0.0031	0.0154	0.013	0.0922	0.0325	-0.0935	-0.1054	-0.1341	0.0353	0.2826	-0.0007	0.2723	0.0075	0.0368	0.3865	0.0049	0.3268	34.8768	-5.1215	-55.7287
16	0.099	-0.0262	0.0039	0.0981	0.0088	0.0331	0.0954	0.0686	0.0523	-0.2781	-0.0103	-0.0396	-0.3849	0.173	0.0006	0.3177	-0.0741	0.0743	0.3485	-0.0162	0.2704	31.1526	9.2	-54.1747
17	0.1108	0.0601	0.1061	0.0332	0.0203	0.4508	-0.0011	0.1642	-0.0655	-0.104	0.141	0.0512	-0.3245	0.3412	0.0111	0.235	-0.1257	0.0708	0.3268	-0.0319	0.1956	35.0424	10.6896	-39.6891
18	0.1129	-0.0412	-0.0552	0.0234	0.0258	0.1362	-0.0064	0.1084	-0.2582	-0.135	0.1279	-0.1097	0.014	0.747	0.2793	-0.1012	-0.2613	0.3675	0.926	-0.1729	0.3287	52.7075	7.5098	-39.3374

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 10 through 130 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 131 through 307 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 308 through 390 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 10 through 59 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 60 through 130 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 131 through 325 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 326 through 390 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 9 through 29 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 30 through 94 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 95 through 130 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 131 through 203 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 204 through 307 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 308 through 390 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 9 through 94 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 95 through 130 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 131 through 203 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 204 through 307 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 308 through 390 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)