+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6k1o | ||||||
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Title | Apo form of a putative cystathionine gamma-lyase | ||||||
Components | Cystathionine gamma-lyase | ||||||
Keywords | LYASE / CSE / CGL / biomineralization / quantum dots / CdS / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Stenotrophomonas maltophilia (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.033 Å | ||||||
Authors | Chen, S. / Wang, Y. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Int.J.Biol.Macromol. / Year: 2021 Title: Structural characterization of cystathionine gamma-lyase smCSE enables aqueous metal quantum dot biosynthesis. Authors: Wang, Y. / Chen, H. / Huang, Z. / Yang, M. / Yu, H. / Peng, M. / Yang, Z. / Chen, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6k1o.cif.gz | 553.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6k1o.ent.gz | 456.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6k1o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/6k1o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6k1lC 6k1mC 6k1nC 2nmpS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41702.551 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Stenotrophomonas maltophilia (strain R551-3) (bacteria) Strain: R551-3 / Gene: Smal_0489 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B4SII9, cystathionine gamma-lyase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.41 Å3/Da / Density % sol: 48.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 200 mM Calcium acetate, 100 mM Tris pH 7.0, 5 mM 3-cyano-L-alanine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.9792 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.03→100 Å / Num. obs: 97813 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 6.2 % / Net I/σ(I): 17.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.03→2.07 Å / Redundancy: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4713 / CC1/2: 0.618 / Rpim(I) all: 0.563 / Rrim(I) all: 1.295 / % possible all: 97.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2NMP Resolution: 2.033→33.422 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 27.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.033→33.422 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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