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万見
- PDB-6k0z: Substrate bound state of Staphylococcus Aureus AldH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0z
タイトルSubstrate bound state of Staphylococcus Aureus AldH
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / staphyloxanthin synthesis / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


carotenoid biosynthetic process / aldehyde metabolic process / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase / 4,4'-diaponeurosporen-aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49672590512 Å
データ登録者Zhang, Z. / Tao, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China) 中国
引用ジャーナル: CCS Chemistry / 年: 2020
タイトル: Structural Insight into the Substrate Gating Mechanism by Staphylococcus aureus Aldehyde Dehydrogenase
著者: Tao, X. / Zhang, Z. / Zhang, X. / Li, H. / Sun, H. / Mao, Z. / Xia, W.
履歴
登録2019年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,7805
ポリマ－52,5021
非ポリマー2784
水1267
1
A: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,56010
ポリマ－105,0032
非ポリマー5578
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
Buried area10470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area32320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.444, 176.444, 95.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase


分子量: 52501.684 Da / 分子数: 1 / 変異: C244S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6HCL5, UniProt: Q2FWX9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1M lithium sulfate, 100mM sodium cacodylate trihyrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 22379 / % possible obs: 84 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 35.5207945525 Å2 / CC1/2: 0.985 / Net I/σ(I): 11.24
反射 シェル解像度: 2.497→2.586 Å / Num. unique obs: 22579 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.49672590512→47.8775 Å / SU ML: 0.290884624802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35321787074 / 位相誤差: 26.4427018109
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261130565542 1152 5.14768309576 %
Rwork0.235229754139 --
obs0.236562657177 22379 84.4458699672 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.3968449864 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49672590512→47.8775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3585 0 18 7 3610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00905352240943682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.056364829244993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0750627013082566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00710358685135641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.11243385731334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4967-2.61030.325823528649930.3208109304051463X-RAY DIFFRACTION47.6423759951
2.6103-2.7480.304838196255980.2906359705481839X-RAY DIFFRACTION59.545035352
2.748-2.92010.330439143241150.2914698511212321X-RAY DIFFRACTION74.6552252528
2.9201-3.14550.3457681094351560.2916367751352895X-RAY DIFFRACTION92.9049939099
3.1455-3.4620.296754204441630.2587640182463124X-RAY DIFFRACTION99.7874924104
3.462-3.96270.2252168396451740.222701125213116X-RAY DIFFRACTION99.7574287447
3.9627-4.99180.2203991478871680.1916483056163178X-RAY DIFFRACTION99.8805970149
4.9918-47.88630.2401145952871850.21341022443291X-RAY DIFFRACTION99.5988538682
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.2032 Å / Origin y: 33.0099 Å / Origin z: -34.3569 Å
111213212223313233
T0.3575 Å20.0546 Å20.3003 Å2-0.3786 Å2-0.154 Å2--0.4946 Å2
L2.2883 °20.9614 °2-0.1762 °2-2.273 °2-0.6332 °2--2.3655 °2
S0.3961 Å °-0.5204 Å °0.6664 Å °0.4655 Å °-0.1966 Å °0.5244 Å °-0.1409 Å °0.4982 Å °-0.1858 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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