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- PDB-6k0k: Crystal structure of Escherichia coli pyruvate kinase II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0k
タイトルCrystal structure of Escherichia coli pyruvate kinase II
要素Pyruvate kinase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / pyruvate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase complex / pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily ...Pyruvate kinase, active site / Pyruvate kinase active site signature. / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Pyruvate kinase / Pyruvate kinase II
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Zhao, C.H. / Zhang, Y.P. / Li, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli pyruvate kinase II
著者: Zhao, C.H. / Zhang, Y.P. / Li, Y.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,64311
ポリマ－209,9694
非ポリマー6747
水4,396244
1
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2014
ポリマ－104,9842
非ポリマー2162
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area38340 Å2
手法PISA
2
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,4427
ポリマ－104,9842
非ポリマー4575
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.693, 137.300, 139.221
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 52492.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C3T5U7, UniProt: P21599*PLUS, pyruvate kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6% v/v Tacsimate TM pH 7.0, 0.1M HEPES pH 7.2, 8% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 63484 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 51.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.68→2.73 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.952 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 3135 / Rpim(I) all: 0.478 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 2.0E+28 / 解像度: 2.68→32.95 Å / SU ML: 0.3588 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.5973 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3098 4.91 %RANDOM
Rwork0.2099 60045 --
obs0.2124 63143 98.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→32.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13031 0 43 252 13326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008513190
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.087717813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05562144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00562324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.72968169
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.720.33391310.2792657X-RAY DIFFRACTION97.79
2.72-2.760.32961260.2592744X-RAY DIFFRACTION99.79
2.76-2.810.3241450.25422723X-RAY DIFFRACTION99.72
2.81-2.860.29971290.24892747X-RAY DIFFRACTION99.9
2.86-2.920.31641550.24072729X-RAY DIFFRACTION99.9
2.92-2.980.31551470.2472702X-RAY DIFFRACTION99.79
2.98-3.040.32461440.24712758X-RAY DIFFRACTION99.76
3.04-3.110.29881460.23472749X-RAY DIFFRACTION99.86
3.11-3.190.30941580.23662686X-RAY DIFFRACTION99.2
3.19-3.280.2842970.22022677X-RAY DIFFRACTION96.05
3.28-3.370.2761570.21812739X-RAY DIFFRACTION99.55
3.37-3.480.2841320.22232754X-RAY DIFFRACTION99.65
3.48-3.610.26671730.20762703X-RAY DIFFRACTION99.45
3.61-3.750.23221420.192743X-RAY DIFFRACTION99.45
3.75-3.920.23451440.1892767X-RAY DIFFRACTION99.45
3.92-4.130.25141170.18532763X-RAY DIFFRACTION99.28
4.13-4.380.20821410.17852748X-RAY DIFFRACTION98.74
4.38-4.720.22631370.16992726X-RAY DIFFRACTION98.01
4.72-5.20.23141430.18782776X-RAY DIFFRACTION98.92
5.2-5.940.26921440.21532772X-RAY DIFFRACTION98.31
5.94-7.470.27761410.2282737X-RAY DIFFRACTION96.13
7.47-32.950.21411490.21162645X-RAY DIFFRACTION89.44

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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