PDB-6k0f: The crystal structure of cyclopenin-bound AsqJ quinary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k0f

タイトル

The crystal structure of cyclopenin-bound AsqJ quinary complex

要素

Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cyclopenin / dioxygen / product / 2OG

機能・相同性

機能・相同性情報

(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.634 Å

データ登録者

Liao, H.J. / Chan, N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of cyclopenin-bound AsqJ quinary complex
著者: Liao, H.J. / Chan, N.L.

履歴

登録	2019年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k0f.cif.gz	137.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k0f.ent.gz	103.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k0f_validation.pdf.gz	798.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k0f_full_validation.pdf.gz	800.4 KB	表示
XML形式データ	6k0f_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	6k0f_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/6k0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y7rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oa8-d 6jzm-d 5dap-d 5daw-d 5y7r-d 5dax-d 6k30-d 6eoz-d 5oa4-d 5dav-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ

ヘテロ分子

36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.839, 120.943, 66.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-587- HOH
2	1	B-644- HOH
3	1	B-696- HOH
4	1	B-720- HOH
5	1	B-724- HOH
6	1	B-726- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 B

#1: タンパク質	Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J 分子量: 36107.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

#1: タンパク質

Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J

分子量: 36107.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
非ポリマー , 5種, 230分子

#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#4: 化合物	ChemComp-CQ9 / (3~{R},3'~{S})-4-methyl-3'-phenyl-spiro[1~{H}-1,4-benzodiazepine-3,2'-oxirane]-2,5-dione / (3R)-4-メチル-3′α-フェニルスピロ[3H-1,4-ベンゾジアゼピン-3,2′-オキシラン]-2,5(1H,4(以下略) 分子量: 294.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 1000, imidazole, calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→30 Å / Num. obs: 37248 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 22.23 Å² / CC_1/2: 0.839 / Net I/σ(I): 29.2
反射シェル	解像度: 1.63→1.69 Å / Num. unique obs: 3627 / CC_1/2: 0.839 / R_pim(I) all: 0.27 / R_rim(I) all: 0.54

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5y7r

5y7r

解像度: 1.634→29.211 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.96

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1954	1863	5 %
R_work	0.1756	-	-
obs	0.1766	37228	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.44 Å² / B_iso mean: 29.1006 Å² / B_iso min: 12.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.634→29.211 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2227	0	55	226	2508
B_iso mean	-	-	34.68	34.24	-
残基数	-	-	-	-	288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2311
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.073	3158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	371
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	404
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.539	1900

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.634-1.6779	0.2669	151	0.225	2636	97
1.6779-1.7273	0.2342	157	0.2037	2677	100
1.7273-1.783	0.2142	126	0.1965	2706	100
1.783-1.8467	0.209	132	0.1923	2709	100
1.8467-1.9207	0.2179	149	0.19	2696	100
1.9207-2.008	0.2125	145	0.1767	2709	100
2.008-2.1139	0.1999	155	0.1803	2681	100
2.1139-2.2463	0.2033	129	0.1743	2726	100
2.2463-2.4196	0.1881	168	0.1805	2710	100
2.4196-2.663	0.2251	128	0.1889	2746	100
2.663-3.048	0.2084	111	0.1948	2780	100
3.048-3.8388	0.2016	147	0.1744	2760	99
3.8388-29.211	0.1593	165	0.1472	2829	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4174	-0.4992	1.3419	4.7932	1.557	2.1292	-0.0535	0.2145	-0.1557	-0.2538	0.1053	-0.4614	0.2902	0.4505	-0.0395	0.215	0.106	0.0663	0.3097	-0.0146	0.2449	-10.555	-27.7149	-19.778
2	7.3631	-1.9939	-6.6085	4.7502	2.5812	8.5353	-0.0599	-0.2867	0.6675	-0.046	0.2151	-0.4291	-0.6972	0.7734	-0.2299	0.2335	-0.0855	-0.0857	0.2606	-0.0173	0.3647	-11.8085	-5.1063	-8.3449
3	1.848	0.3982	0.667	1.4448	0.0369	1.417	-0.0099	-0.1371	0.0918	0.132	-0.011	-0.1211	-0.0226	0.1142	0.0195	0.1522	0.0291	-0.0026	0.1294	-0.0115	0.1522	-23.7379	-17.0967	-9.3561
4	5.8118	-0.5446	-0.5113	0.3518	-0.5979	1.435	-0.0065	-0.0842	-0.5638	-0.0579	-0.0223	-0.1008	0.2311	0.0649	0.0152	0.2149	0.0583	0.0157	0.1326	0.0266	0.196	-24.8829	-27.6527	-16.1498
5	1.9964	-1.8009	0.9986	3.0979	-1.5743	4.2728	0.2102	-0.1938	-0.4647	0.2815	-0.0135	-0.2315	0.6798	0.0758	-0.1986	0.2442	0.1037	-0.0126	0.2065	0.0043	0.2557	-15.2862	-32.4974	-5.496
6	1.344	0.1707	0.47	2.0541	0.0655	1.3593	-0.0228	-0.0745	-0.1014	0.1676	0.0642	-0.4745	0.1266	0.314	-0.0507	0.1545	0.0567	-0.0149	0.214	-0.0014	0.2178	-13.6918	-22.7408	-7.0371
7	2.0249	1.0867	-0.8332	2.3797	-0.3479	3.7598	-0.0445	0.0634	0.4374	-0.0959	0.0202	0.0026	-0.3625	0.15	0.0094	0.1691	0.0085	-0.0344	0.1083	0.0291	0.2114	-28.9732	-7.2895	-19.071
8	6.0527	0.4851	1.8804	2.2632	-0.3042	3.6821	-0.0528	0.4871	0.0823	-0.2792	0.0055	0.0689	0.0645	-0.0168	0.045	0.1761	0.0017	0.0158	0.1406	0.0252	0.1095	-37.5603	-14.3479	-27.607
9	3.8474	2.0888	0.1863	5.9668	-0.3873	2.6751	-0.4636	0.5995	1.6979	-0.1491	0.2545	0.6308	-0.5991	0.2976	0.1478	0.3582	-0.0679	-0.0496	0.2935	0.1665	0.434	-31.9953	-0.8458	-27.8437

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 8 through 40 )	B	8 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 41 through 57 )	B	41 - 57
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 58 through 146 )	B	58 - 146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 147 through 161 )	B	147 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 162 through 191 )	B	162 - 191
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 192 through 232 )	B	192 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 233 through 259 )	B	233 - 259
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 260 through 279 )	B	260 - 279
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 280 through 295 )	B	280 - 295

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