[日本語] English
万見
- PDB-6jzz: The crystal structure of AAR-C294S in complex with ADO. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jzz
タイトルThe crystal structure of AAR-C294S in complex with ADO.
要素
  • Aldehyde decarbonylase
  • Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/LYASE / reductase / alkane / aldehyde / oxygenase / OXIDOREDUCTASE-LYASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / aldehyde oxygenase (deformylating) activity / aldehyde oxygenase (deformylating) / transition metal ion binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle ...Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Long-chain fatty aldehyde decarbonylase / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HEXADECAN-1-OL / STEAROYL-COENZYME A / Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Aldehyde decarbonylase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.011 Å
データ登録者Zhang, H.M. / Li, M. / Gao, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesKey Research Program of Frontier Sciences QYZDB-SSW-SMC005 中国
Chinese Academy of SciencesStrategic Priority Research Program XDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesStrategic Priority Research Program XDB08020302 中国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
Ministry of Science and Technology (China)National Key R&D Program of China 2017YFA0503702 中国
Ministry of Science and Technology (China)National Key R&D Program of China 2011CBA00900 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into catalytic mechanism and product delivery of cyanobacterial acyl-acyl carrier protein reductase.
著者: Gao, Y. / Zhang, H. / Fan, M. / Jia, C. / Shi, L. / Pan, X. / Cao, P. / Zhao, X. / Chang, W. / Li, M.
履歴
登録2019年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
B: Aldehyde decarbonylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8886
ポリマ－66,5002
非ポリマー1,3884
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area22670 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.527, 72.335, 137.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase / Acyl-ACP reductase


分子量: 37500.797 Da / 分子数: 1 / 変異: C294S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
遺伝子: Synpcc7942_1594, SEC0028 / プラスミド: pET24a / 詳細 (発現宿主): pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q54765, long-chain acyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: タンパク質 Aldehyde decarbonylase / AD / Fatty aldehyde decarbonylase


分子量: 28998.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus PCC 7942 (バクテリア)
遺伝子: SEC0027 / プラスミド: pET24a / 詳細 (発現宿主): pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KPT4, aldehyde oxygenase (deformylating)

-
非ポリマー , 4種, 20分子

#3: 化合物 ChemComp-ST9 / STEAROYL-COENZYME A / ステアロイルCoA


分子量: 1033.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H70N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PL3 / HEXADECAN-1-OL / 1-ヘキサデカノ-ル


分子量: 242.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→38.66 Å / Num. obs: 13663 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.03 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 3.01→3.12 Å / Num. unique obs: 1332 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RC8

4rc8


解像度: 3.011→38.655 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 1286 10.04 %
Rwork0.2068 --
obs0.2129 12814 93.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.011→38.655 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4326 0 75 16 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3226083
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3943267
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064677
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008784
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0113-3.13180.3841800.2815747X-RAY DIFFRACTION56
3.1318-3.27420.35451340.29781193X-RAY DIFFRACTION89
3.2742-3.44680.32371530.26461328X-RAY DIFFRACTION99
3.4468-3.66260.33131500.23641330X-RAY DIFFRACTION100
3.6626-3.94510.27941350.21091365X-RAY DIFFRACTION100
3.9451-4.34160.24531590.19741352X-RAY DIFFRACTION100
4.3416-4.96870.23761500.17171367X-RAY DIFFRACTION100
4.9687-6.25580.24911570.19811386X-RAY DIFFRACTION100
6.2558-38.65780.22431680.16971460X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る