PDB-6jzv: Crystal structure of SufU from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jzv

タイトル

Crystal structure of SufU from Bacillus subtilis

要素

Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Iron-sulfur cluster biosynthesis / Sulfur mobilization

機能・相同性

機能・相同性情報

転移酵素 / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Takahashi, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2024
タイトル: Cysteine-Persulfide Sulfane Sulfur-Ligated Zn Complex of Sulfur-Carrying SufU in the SufCDSUB System for Fe-S Cluster Biosynthesis.
著者: Terahata, T. / Shimada, Y. / Maki, C. / Muroga, S. / Sakurai, R. / Kunichika, K. / Fujishiro, T.

履歴

登録	2019年5月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6jzv_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
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CIF形式データ	6jzv_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/6jzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/6jzv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6jzwC 5xt5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h8q-d 4w5x-1 5vas-1 5uwg-1 4kef-d 6c17-d 3h5e-1 3emu-d 3sub-1 3h5e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

B: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

C: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

D: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

69.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Zinc-dependent sulfurtransferase SufU

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.320, 54.450, 70.380
Angle α, β, γ (deg.)	68.990, 75.860, 72.540
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))
2	1	(chain B and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))
3	1	(chain C and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))
4	1	(chain D and resid 4 through 140)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	GLY	GLY	(chain A and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))	A	A	4 - 101	4 - 101
1	2	SER	SER	VAL	VAL	(chain A and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))	A	A	107 - 140	107 - 140
2	1	ASN	ASN	GLY	GLY	(chain B and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))	B	B	4 - 101	4 - 101
2	2	SER	SER	VAL	VAL	(chain B and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))	B	B	107 - 140	107 - 140
3	1	ASN	ASN	GLY	GLY	(chain C and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))	C	C	4 - 101	4 - 101
3	2	SER	SER	VAL	VAL	(chain C and (resid 4 through 101 or resid 107 through 140))	C	C	107 - 140	107 - 140
4	1	ASN	ASN	VAL	VAL	(chain D and resid 4 through 140)	D	D	4 - 140	4 - 140

#1: タンパク質	Zinc-dependent sulfurtransferase SufU / Putative iron-sulfur cluster assembly scaffold protein SufU / Sulfur acceptor protein SufU 分子量: 17256.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: sufU, iscU, nifU, yurV, BSU32680 / Variant: 168 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O32163, 転移酵素
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 0.15 M potassium thiocyanate, 0.1M MES, 20% w/v PEG1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: BL-17A / 波長: 1.25865 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日

放射

モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.25865 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→49.409 Å / Num. obs: 31156 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.033 % / B_iso Wilson estimate: 38.279 Å² / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.187 / R_rim(I) all: 0.201 / Χ²: 0.889 / Net I/σ(I): 8.64 / Num. measured all: 499479 / Scaling rejects: 1252

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2-2.1	8.105	0.931	2.65	68838	8518	8493	0.712	0.999	99.7
2.1-2.2	8.22	0.649	3.83	57904	7042	7044	0.866	0.695	100
2.2-2.3	7.867	0.544	4.56	45746	5834	5815	0.897	0.584	99.7
2.3-2.4	7.794	0.451	5.61	38010	4906	4877	0.925	0.484	99.4
2.4-2.5	8.226	0.376	6.79	34302	4166	4170	0.953	0.403	100.1
2.5-2.6	8.369	0.33	7.91	29818	3588	3563	0.952	0.353	99.3
2.6-2.7	8.2	0.3	8.56	24861	3028	3032	0.96	0.321	100.1
2.7-2.8	8.166	0.272	9.08	21003	2596	2572	0.972	0.291	99.1
2.8-2.9	7.758	0.241	9.91	17898	2318	2307	0.973	0.259	99.5
2.9-3	7.676	0.213	10.73	14830	1936	1932	0.974	0.229	99.8
3-3.5	8.082	0.167	13.29	55318	6894	6845	0.986	0.179	99.3
3.5-4	7.937	0.142	15.93	30083	3834	3790	0.989	0.153	98.9
4-6	7.857	0.131	17.02	42866	5506	5456	0.991	0.14	99.1
6-10	7.686	0.148	17.39	13711	1800	1784	0.992	0.159	99.1
10-49.409	8.651	0.146	19.17	4291	510	496	0.995	0.154	97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XT5

5xt5

解像度: 2→49.409 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2417	1557	5 %
R_work	0.2115	-	-
obs	0.213	31147	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.2 Å² / B_iso mean: 43.9021 Å² / B_iso min: 15.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→49.409 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4261	0	4	53	4318
B_iso mean	-	-	33.13	45.36	-
残基数	-	-	-	-	557

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2525	X-RAY DIFFRACTION	16.538	TORSIONAL
1	2	B	2525	X-RAY DIFFRACTION	16.538	TORSIONAL
1	3	C	2525	X-RAY DIFFRACTION	16.538	TORSIONAL
1	4	D	2525	X-RAY DIFFRACTION	16.538	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2-2.0646	0.3136	142	0.2691	2707	2849
2.0646-2.1384	0.2927	141	0.2358	2673	2814
2.1384-2.224	0.2564	143	0.2246	2714	2857
2.224-2.3252	0.2346	139	0.2224	2652	2791
2.3252-2.4478	0.2446	142	0.2194	2691	2833
2.4478-2.6011	0.2623	144	0.2157	2731	2875
2.6011-2.802	0.2583	140	0.2279	2667	2807
2.802-3.0839	0.2672	142	0.2096	2698	2840
3.0839-3.53	0.2254	142	0.2014	2686	2828
3.53-4.447	0.2256	141	0.1875	2687	2828
4.447-49.4236	0.2242	141	0.2148	2684	2825

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2072	0.1871	0.0214	0.1268	-0.0563	0.0244	-0.1933	0.005	-0.5786	-0.0799	-0.0042	-0.4795	-0.1295	-0.5322	0	0.1799	0.0546	-0.0043	0.421	-0.1456	-0.0283	-10.6623	-1.8859	-23.8383
2	0.0213	-0.013	-0.0663	0.1067	-0.0996	0.0889	0.0794	0.0868	-0.4677	-0.014	0.1911	-0.0615	0.1309	0.4276	-0	0.1652	-0.0187	-0.0066	0.1708	-0.017	0.1694	4.679	-3.8192	-7.5677
3	0.0364	0.0618	-0.0301	0.0812	0.022	0.0502	-0.0817	0.3157	0.0171	0.0615	0.1354	0.1174	-0.506	0.0792	-0	0.2355	0.0338	-0.032	0.303	-0.0552	0.3191	-1.1993	11.0919	-6.0874
4	0.0516	0.0727	0.0318	0.0632	0.0462	0.3009	0.0527	0.2089	0.0776	0.0932	-0.0486	0.0157	-0.1648	0.0512	-0	0.1791	-0.0281	-0.0172	0.2414	0.0353	0.21	6.4222	3.8514	-6.6138
5	0.1945	0.0341	0.0495	0.3843	0.3155	0.0007	-0.0569	-0.036	0.1083	-0.0102	0.0127	-0.0928	0.0507	-0.0107	-0	0.1574	0.0019	-0.0145	0.1783	0.0008	0.1632	4.8619	1.1527	-13.4695
6	0.0344	-0.0622	-0.109	0.0515	-0.0172	0.1426	-0.1515	0.0464	0.148	-0.2132	0.1226	-0.2483	-0.0904	-0.1688	0	0.3333	0.0162	-0.0039	0.3504	0.1078	0.2453	7.6009	10.8996	-22.0405
7	0.0149	-0.0087	0.0444	-0.0312	-0.0287	0.0039	0.0699	0.587	-0.4419	-0.0775	0.5274	-0.3934	0.152	-0.2654	-0	0.6293	0.0106	0.0619	0.7818	0.2048	0.4257	5.4185	8.6175	-29.9818
8	-0.0572	-0.0693	0.0235	-0.0009	0.014	0.0343	-0.8894	0.3475	-0.5873	-0.6315	-0.1557	-0.7206	-0.6164	0.0634	-0	0.4816	0.1745	-0.2318	0.3747	-0.0064	-0.0747	-4.8468	6.8262	-25.1797
9	-0.0212	0.018	0.0821	0.0328	0.0317	0.1234	-0.0548	0.1947	0.6675	-0.2424	-0.0529	0.0243	-0.2971	0.2068	-0	0.1892	-0.0061	-0.0691	0.1405	0.0519	0.3659	3.9755	11.5906	-12.9091
10	0.1807	0.1099	-0.1455	0.0472	-0.1484	0.1132	-0.1488	-0.0707	-0.1667	-0.1219	0.0942	0.0568	-0.0167	0.2989	0	0.2553	0.0079	0.0381	0.3036	-0.0218	0.1454	11.6053	-16.4393	-23.432
11	0.0974	-0.1474	0.0748	0.2266	-0.1201	0.0005	0.232	-0.0609	0.0393	0.0512	-0.1885	0.1551	-0.3358	0.0608	-0	0.152	0.0055	0.0244	0.1359	-0.0059	0.1572	-3.9999	-9.8657	-6.3996
12	0.0189	-0.0613	0.013	-0.0857	-0.1631	0.1003	-0.0649	0.1316	0.4396	0.225	0.0114	-0.0384	0.3337	0.0593	-0	0.2407	0.0765	0.0132	0.1988	0.0758	0.355	1.7184	-23.6988	-1.6883
13	0.0034	-0.0294	-0.0073	-0.0707	-0.0295	0.1852	0.2625	0.0828	-0.2976	-0.1275	-0.0958	0.0134	0.1379	-0.0061	0	0.2023	-0.0279	0.0217	0.1997	0.0412	0.2537	-6.0643	-16.9009	-3.7003
14	0.0228	0.0411	-0.1768	-0.0039	-0.282	0.1744	0.0654	-0.1432	0.2827	-0.0155	-0.0273	0.006	-0.1011	-0.0597	0	0.1506	0.0228	0.029	0.3118	0.0147	0.2635	-5.8116	-14.4054	-7.5114
15	0.2111	-0.2281	-0.2828	0.0203	-0.0707	0.1927	-0.0523	0.1626	-0.2193	-0.1418	-0.0347	0.0285	0.1532	0.0092	-0	0.1784	-0.0273	0.0091	0.1333	-0.0559	0.1624	-5.3053	-21.6484	-15.4236
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18	0.0089	-0.0301	-0.0119	0.0505	-0.0167	0.1822	0.2171	0.0897	-0.7152	0.0469	-0.2106	0.049	-0.0472	-0.033	-0	0.2155	0.0195	0.0102	0.1483	-0.0038	0.3776	-1.6269	-26.4811	-9.142
19	0.1115	-0.1242	0.0375	0.0495	0.0152	0.091	-0.1706	0.0333	-0.0327	0.1117	0.0754	-0.0172	0.0267	0.2206	-0	0.2289	0.0115	-0.0385	0.2668	0.0156	0.1358	10.9946	16.855	24.1023
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25	-0.0603	0.0429	-0.0214	0.1397	-0.0055	0.1993	0.0656	-0.127	0.7079	0.0441	-0.1229	0.2203	-0.0167	-0.0292	0	0.2493	0.0071	0.0187	0.1574	-0.0004	0.429	-0.8912	26.8345	10.6305
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28	-0.0203	0.088	-0.025	0.0327	0.1476	0.0369	-0.0099	0.0511	0.3113	0.1168	0.0705	0.2089	0.9671	0.0928	0	0.4336	-0.0935	0.0255	0.2903	-0.0878	0.2803	-1.6398	-10.3487	6.4371
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32	0.0209	-0.0134	-0.0157	0.0004	-0.0046	0.0047	-0.168	-0.2799	0.0178	0.3098	0.4896	0.0837	-0.3897	-0.3148	-0	0.5264	-0.0496	-0.1078	0.4524	0.0106	0.5743	3.6025	-7.4084	28.2747
33	0.0384	-0.0794	-0.0021	0.0459	-0.0143	0.0285	-0.2674	-0.6241	0.0781	0.36	0.0043	-0.2728	-0.0146	-0.6248	-0	0.432	-0.1312	0.0562	0.3824	0.0348	0.2615	-5.6498	-6.5305	25.6875
34	-0.0299	-0.0497	0.0101	0.0182	-0.2605	0.1133	0.2285	-0.1731	-0.6819	0.0379	-0.2839	-0.0999	-0.0385	0.04	-0	0.2363	0.0262	0.0119	0.1882	0.043	0.3048	1.3661	-11.1023	13.8884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 20 )	A	4 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 31 )	A	21 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 42 )	A	32 - 42
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 43 through 52 )	A	43 - 52
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 53 through 84 )	A	53 - 84
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 85 through 100 )	A	85 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 101 through 110 )	A	101 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 111 through 122 )	A	111 - 122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 123 through 144 )	A	123 - 144
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 2 through 20 )	B	2 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 21 through 31 )	B	21 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 32 through 42 )	B	32 - 42
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 43 through 52 )	B	43 - 52
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 53 through 66 )	B	53 - 66
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 67 through 99 )	B	67 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 100 through 110 )	B	100 - 110
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 111 through 122 )	B	111 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 123 through 142 )	B	123 - 142
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 2 through 20 )	C	2 - 20
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 21 through 31 )	C	21 - 31
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 32 through 84 )	C	32 - 84
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 85 through 100 )	C	85 - 100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 101 through 110 )	C	101 - 110
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 111 through 122 )	C	111 - 122
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 123 through 140 )	C	123 - 140
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 2 through 20 )	D	2 - 20
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 21 through 31 )	D	21 - 31
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 32 through 42 )	D	32 - 42
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 43 through 52 )	D	43 - 52
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 53 through 84 )	D	53 - 84
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 85 through 99 )	D	85 - 99
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 100 through 110 )	D	100 - 110
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 111 through 122 )	D	111 - 122
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 123 through 142 )	D	123 - 142

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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