PDB-6jzm: The intermediate forming O-C10 bond formation in AsqJ-catalyzed e...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jzm

タイトル

The intermediate forming O-C10 bond formation in AsqJ-catalyzed epoxidation

要素

Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ

キーワード

OXIDOREDUCTASE / epoxidation / bonding

機能・相同性

機能・相同性情報

(-)-cyclopenine synthase / dioxygenase activity / biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Liao, H.J. / Chan, N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: The intermediate forming O-C10 bond formation in AsqJ-catalyzed epoxidation
著者: Liao, H.J. / Chan, N.L.

履歴

登録	2019年5月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jzm.cif.gz	133.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jzm.ent.gz	103.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jzm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jzm_validation.pdf.gz	775.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jzm_full_validation.pdf.gz	777.4 KB	表示
XML形式データ	6jzm_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	6jzm_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/6jzm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/6jzm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5oa4-d 6k0f-d 5daw-d 5dax-d 5oa8-d 5dav-d 5dap-d 5y7r-d 6k30-d 6eoz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ

ヘテロ分子

34.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.147, 121.805, 66.617
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-582- HOH
2	1	B-623- HOH
3	1	B-717- HOH
4	1	B-727- HOH
5	1	B-729- HOH

#1: タンパク質	Iron/alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase asqJ / 4'-methoxyviridicatin/aspoquinolone biosynthesis cluster protein asqJ / Aspoquinolone biosynthesis protein J 分子量: 34022.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (カビ) 株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: asqJ, AN9227 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5AR53, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#4: 化合物	ChemComp-CQ9 / (3~{R},3'~{S})-4-methyl-3'-phenyl-spiro[1~{H}-1,4-benzodiazepine-3,2'-oxirane]-2,5-dione / (3R)-4-メチル-3′α-フェニルスピロ[3H-1,4-ベンゾジアゼピン-3,2′-オキシラン]-2,5(1H,4(以下略) 分子量: 294.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₄N₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 1000, Imidazole, calcium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 24830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 2035

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→24.777 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 20.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	2019	8.6 %
R_work	0.1708	-	-
obs	0.1746	23470	94.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→24.777 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2218	0	31	229	2478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.087	3141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.274	1888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8801-1.9271	0.3203	118	0.2791	1328	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9271-1.9792	0.2778	144	0.2342	1357	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9792-2.0374	0.2736	124	0.2119	1444	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0374-2.1031	0.2347	138	0.1923	1454	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1031-2.1783	0.2352	142	0.1746	1486	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1783-2.2654	0.2467	141	0.1749	1520	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2654-2.3685	0.2182	142	0.173	1537	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3685-2.4932	0.2348	144	0.1746	1566	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4932-2.6493	0.1987	159	0.1696	1569	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6493-2.8535	0.2535	141	0.1849	1604	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8535-3.1402	0.2201	152	0.1879	1606	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1402-3.5934	0.2323	148	0.17	1634	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5934-4.5228	0.1753	159	0.1345	1638	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5228-24.7793	0.1622	167	0.1431	1708	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9441	-0.4705	0.6445	2.2098	0.6406	0.9301	-0.0852	0.3849	-0.0737	-0.3376	-0.0819	-0.6489	0.2822	0.8583	-0.031	0.1851	0.212	0.1591	0.5582	-0.0091	0.3025	-10.8	-27.4825	-20.2376
2	3.2335	-0.147	-2.4211	2.1172	-1.0465	2.47	-0.2091	0.1098	0.7465	0.1116	0.0765	-0.2802	-0.6393	0.6141	-0.234	0.25	-0.1589	-0.1315	0.3507	0.0429	0.4975	-11.9469	-5.2691	-8.3435
3	2.7939	0.9845	-0.1168	3.2132	0.2719	6.6071	-0.0174	-0.8816	0.415	0.7084	-0.0994	-0.0158	-0.2017	-0.0933	0.1072	0.3603	0.0112	-0.0404	0.3597	-0.0696	0.1967	-26.2699	-13.2426	3.4886
4	2.0769	1.8676	-1.5387	4.7839	-0.6387	2.8122	-0.0384	-0.0166	0.4501	-0.1842	-0.0803	-0.102	-0.6756	0.6794	0.06	0.1926	-0.0862	-0.0674	0.2154	0.0608	0.2448	-19.1948	-6.6219	-16.2153
5	1.8953	0.2754	-0.0054	2.5285	0.5415	1.1813	-0.0857	0.3253	0.0426	-0.1268	-0.0243	-0.231	0.0959	0.37	0.0402	0.1236	0.0123	0.031	0.1727	0.0174	0.0886	-22.7922	-19.5241	-19.795
6	3.3389	-0.1014	0.9374	0.6403	-0.6382	1.5318	0.032	-0.2025	-0.2873	0.2299	0.0101	-0.1754	0.0557	0.049	-0.063	0.1988	0.0318	-0.0196	0.1017	0.0172	0.1289	-25.7327	-27.0048	-8.5782
7	2.1441	-0.368	1.2484	2.0062	-0.1221	2.6912	0.0345	0.0129	-0.217	0.2839	0.0606	-0.5023	0.3253	0.3977	-0.0368	0.186	0.0703	-0.0282	0.2197	0.0208	0.2175	-14.449	-27.1214	-6.391
8	1.4276	0.4059	-0.8612	2.7748	-0.024	1.7645	-0.1218	0.177	0.5256	-0.1695	-0.0162	-0.0622	-0.4101	0.1945	0.0507	0.1864	-0.0352	-0.0584	0.1209	0.0537	0.2153	-29.1092	-7.5425	-19.0866
9	2.5634	0.1585	-0.1552	1.3897	-0.4533	1.6045	-0.1891	0.7198	0.6041	-0.3131	-0.0576	0.0505	-0.2722	0.2978	0.0361	0.2662	-0.0469	-0.0598	0.2322	0.1137	0.239	-35.461	-8.5441	-27.9823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 9 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 41 through 57 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 58 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 81 through 97 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 98 through 124 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 125 through 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 162 through 232 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 233 through 260 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 261 through 295 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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