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万見
- PDB-6jyz: Crystal structure of endogalactoceramidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jyz
タイトルCrystal structure of endogalactoceramidase
要素Putative secreted endoglycosylceramidase
キーワードHYDROLASE / glycoside hydrolase / endogalactoceramidase.
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Secreted endoglycosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus hoagii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Liuqing, C. / Yan, F.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structure of an endogalactosylceramidase from Rhodococcus hoagii 103S reveals the molecular basis of its substrate specificity.
著者: Chen, L. / Chang, Q. / Yan, Q. / Yang, G. / Zhang, Y. / Feng, Y.
履歴
登録2019年4月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative secreted endoglycosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1406
ポリマ－51,5411
非ポリマー5995
水11,349630
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area17740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.196, 114.520, 128.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1006-

HOH

21A-1143-

HOH

31A-1156-

HOH

41A-1194-

HOH

51A-1206-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative secreted endoglycosylceramidase


分子量: 51540.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus hoagii (strain 103S) (バクテリア)
株: 103S / 遺伝子: REQ_10740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S5Y3Q1
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES/Sodium hydroxide pH 7.5 and 30% (v/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→63.4 Å / Num. obs: 142709 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 6632 / Rpim(I) all: 0.273 / Rrim(I) all: 0.436 / Χ2: 0.98

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J7Z

5j7z


解像度: 1.35→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.168 5972 5 %
Rwork0.154 --
obs0.155 113901 97.81 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3484 0 40 630 4154
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.39 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 373 5 %
Rwork0.168 6993 -
obs--82.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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