PDB-6jyi: Crystal structure of the PadR-like transcriptional regulator BC17...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jyi

タイトル

Crystal structure of the PadR-like transcriptional regulator BC1756 from Bacillus cereus

要素

Transcriptional repressor PadR

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor

機能・相同性

Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Transcriptional repressor PadR

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Kim, T.H. / Park, S.C. / Lee, K.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Structural and DNA-binding studies of the PadR-like transcriptional regulator BC1756 from Bacillus cereus.
著者: Kim, T.H. / Park, S.C. / Lee, K.C. / Song, W.S. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2019年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jyi.cif.gz	150.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jyi.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jyi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jyi_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jyi_full_validation.pdf.gz	440.8 KB	表示
XML形式データ	6jyi_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	6jyi_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jy/6jyi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2e4z-d 4bc3-1 6vb0-d 3tbt-4 2jzn-d 6c98-1 6d9d-d 5bjt-3 6d9e-d 6itg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional repressor PadR

B: Transcriptional repressor PadR

44.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.682, 132.672, 49.249
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 33
2	1	1	6	B	1 - 33
1	2	1	6	A	36 - 59
2	2	1	6	B	36 - 59
1	3	1	6	A	68 - 89
2	3	1	6	B	68 - 89
1	1	2	6	A	90 - 127
2	1	2	6	B	90 - 127
1	2	2	6	A	145 - 200
2	2	2	6	B	145 - 200

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transcriptional repressor PadR 分子量: 22197.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア) 株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711 遺伝子: BC_1756 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81F45
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional repressor PadR

分子量: 22197.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus cereus (strain ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711) (バクテリア)
株: ATCC 14579 / DSM 31 / JCM 2152 / NBRC 15305 / NCIMB 9373 / NRRL B-3711
遺伝子: BC_1756 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81F45

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 3350, sodium citrate, ammonium dihydrogen phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97939 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→30 Å / Num. obs: 31084 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 43.9
反射シェル	解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 3033 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.92→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 6.845 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.153 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24672	1562	5 %	RANDOM
R_work	0.20684	-	-	-
obs	0.20884	29372	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.92→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2784	0	0	141	2925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.418	1.974	3825
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.864	3	4904
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.829	5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.566	24.203	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.038	15	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.041	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.823	1.5	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.221	1.5	693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.506	2	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.512	3	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.974	4.5	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1049	loose positional	0.76	5
2	2	A	844	loose positional	0.38	5
1	1	B	1049	loose thermal	2.44	10
2	2	B	844	loose thermal	2.73	10

LS精密化シェル

解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	103	-
R_work	0.303	2092	-
obs	-	-	96.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0979	-1.5162	-1.5227	0.8626	0.5976	1.5129	-0.2067	-0.4782	0.4089	0.3109	0.2095	-0.3404	0.0166	0.2583	-0.0029	0.2936	0.009	-0.1129	0.2347	-0.0675	0.295	48.381	34.731	9.594
2	2.8784	0.2986	-0.8407	1.3116	0.2381	6.2908	0.1183	0.0296	0.0829	0.3506	0.0514	0.0158	-0.015	-0.2036	-0.1697	0.2512	-0.0259	0.0121	0.06	-0.003	0.0591	24.82	50.356	18.961
3	1.9357	-0.966	-0.8613	2.0765	0.6168	1.2451	0.0362	0.111	0.4794	0.0543	-0.01	-0.0638	-0.1873	-0.0296	-0.0262	0.1182	-0.0012	-0.0618	0.0961	0.0439	0.2248	47.009	49.836	0.557

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-5 - 170
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	90 - 173

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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