PDB-6jwj: Npl4 in complex with Ufd1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jwj

タイトル

Npl4 in complex with Ufd1

要素

Nuclear protein localization protein 4
Peptide from Ubiquitin fusion degradation protein 1

キーワード

PROTEIN BINDING / UBIQUITIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / Doa10p ubiquitin ligase complex / Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex / protein localization to vacuole / DNA replication termination / RQC complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasm protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / endosome to plasma membrane protein transport / Translesion Synthesis by POLH ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Sato, Y. / Fukai, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural insights into ubiquitin recognition and Ufd1 interaction of Npl4.
著者: Sato, Y. / Tsuchiya, H. / Yamagata, A. / Okatsu, K. / Tanaka, K. / Saeki, Y. / Fukai, S.

履歴

登録	2019年4月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jwj.cif.gz	273.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jwj.ent.gz	181.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jwj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/6jwj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/6jwj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jwhSC 6jwiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jwi-2 5qtk-1 6jwh-d 5qta-1 5qti-1 2zt5-d 5qth-1 2zt7-d 5qt4-1 5qtb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nuclear protein localization protein 4

C: Peptide from Ubiquitin fusion degradation protein 1

ヘテロ分子

57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.005, 82.546, 94.1
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab

#1: タンパク質	Nuclear protein localization protein 4 / HMG-CoA reductase degradation protein 4 分子量: 53765.355 Da / 分子数: 1 / 変異: E123A,K124A,E125A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: NPL4, HRD4, YBR170C, YBR1231 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33755
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide from Ubiquitin fusion degradation protein 1 / UB fusion protein 1 / Polymerase-interacting protein 3 分子量: 2517.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: UFD1, PIP3, YGR048W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53044
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 90mM BisTris-HCl (pH 7.5), 19% PEG 3350, 10mM ATP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58001521614→50 Å / Num. obs: 77414 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.4 % / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 1.58001521614→1.61 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.554 / Num. unique obs: 2809 / CC_1/2: 0.496 / % possible all: 70.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JWH

6jwh

解像度: 1.58→47.5499067827 Å / SU ML: 0.20320713738 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3378907733 / 位相誤差: 22.1679964311

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.205574702564	3905	5.08960573477 %
R_work	0.177654887026	-	-
obs	0.179097620233	76725	96.4718160214 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.6955260253 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→47.5499067827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3883	0	68	390	4341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0060415393521	4039
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983842585187	5437
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0409494716955	568
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00486295036947	699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6092701013	1504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.58001521614-1.5993	0.410790709158	106	0.382247420485	1717	X-RAY DIFFRACTION	65.5048508803
1.5993-1.6195	0.333109876496	104	0.359177874544	1985	X-RAY DIFFRACTION	74.1042923022
1.6195-1.6408	0.347606887104	118	0.319163949952	2151	X-RAY DIFFRACTION	81.3261648746
1.6408-1.6633	0.319480398745	117	0.304576675506	2340	X-RAY DIFFRACTION	88.064516129
1.6633-1.6871	0.287812536427	136	0.270777754495	2528	X-RAY DIFFRACTION	93.7038339782
1.6871-1.7123	0.281379473284	135	0.272131614923	2622	X-RAY DIFFRACTION	97.9396092362
1.7123-1.739	0.289792444999	135	0.247137019899	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.3908993192
1.739-1.7675	0.259452842154	176	0.239978140349	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.9285459093
1.7675-1.798	0.257138322482	139	0.226938466226	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.9645390071
1.798-1.8307	0.238836851029	143	0.218467503163	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8307-1.8659	0.264691686018	123	0.208643272828	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8659-1.904	0.229069378234	145	0.203629767255	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.9645390071
1.904-1.9454	0.210038372103	149	0.192290491973	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.9646393211
1.9454-1.9907	0.223123580418	139	0.185328822287	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.9645766915
1.9907-2.0405	0.193100002986	123	0.179856848621	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0405-2.0956	0.203041650956	130	0.179950482642	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0956-2.1573	0.204718796147	160	0.167823559439	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1573-2.2269	0.185987340851	175	0.177861500778	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2269-2.3065	0.227807368964	113	0.180858484784	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3065-2.3989	0.222578046099	126	0.175008104298	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3989-2.508	0.21170612921	148	0.185448841673	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.508-2.6402	0.200128865875	129	0.184641821678	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6402-2.8056	0.206775210615	158	0.180475741985	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8056-3.0222	0.220492240679	140	0.183659404054	2737	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0222-3.3263	0.191263457841	179	0.170381513863	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3263-3.8075	0.178766500073	150	0.160627237429	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8075-4.7963	0.151769662384	149	0.135023815344	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7963-47.5499067827	0.216675380111	160	0.15877037498	2906	X-RAY DIFFRACTION	99.9673948484

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.41272906256 Å / Origin y: -11.9021059017 Å / Origin z: 4.11072996372 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.129490745977 Å²	-0.021262830425 Å²	-0.0173195400972 Å²	-	0.153535074987 Å²	0.0216021538578 Å²	-	-	0.171206367724 Å²
L	0.569887178606 °²	-0.0242737787393 °²	-0.172678851825 °²	-	1.2438885923 °²	0.473142121639 °²	-	-	1.16026472166 °²
S	-0.00278323984246 Å °	0.023613809919 Å °	-0.0378878684576 Å °	-0.00248601749449 Å °	-0.0249349998173 Å °	-0.118421816684 Å °	-0.0982271926498 Å °	0.0699491863337 Å °	0.0394086457828 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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