PDB-6jtd: Crystal structure of TcCGT1 in complex with UDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jtd

タイトル

Crystal structure of TcCGT1 in complex with UDP

要素

C-glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / C-glycosyltransferase / glycosyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Trollius chinensis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zhao, P. / Yun, C.H.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2019
タイトル: Molecular and Structural Characterization of a Promiscuous C-Glycosyltransferase from Trollius chinensis.
著者: He, J.B. / Zhao, P. / Hu, Z.M. / Liu, S. / Kuang, Y. / Zhang, M. / Li, B. / Yun, C.H. / Qiao, X. / Ye, M.

履歴

登録	2019年4月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.2	2019年8月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jtd.cif.gz	219.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jtd.ent.gz	173.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jtd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jtd_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jtd_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6jtd_validation.xml.gz	45.7 KB	表示
CIF形式データ	6jtd_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/6jtd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/6jtd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6c80-1 6vl0-d 2bvg-2 4c68-1 3mzo-3 5cnk-6 6c80-2 6bzi-4 2c7f-5 3clw-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-glycosyltransferase

B: C-glycosyltransferase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: C-glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Though there are two proteins in the asymmetric unit, this protein exists as monomers in solution.
55.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: C-glycosyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.304, 108.702, 90.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	C-glycosyltransferase / CGT1 分子量: 53953.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trollius chinensis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Y5RXX8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.69 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M potassium chloride, 0.02M Tris 7.0, 20% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 88344 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.9 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / CC_1/2: 0.696 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.85→39.682 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1974	4424	5.01 %
R_work	0.1693	-	-
obs	0.1707	88323	98.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7334	50	240	675	8299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7783
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.205	10478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.884	2875
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1195
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8461-1.8671	0.3012	135	0.2651	2529	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8671-1.8891	0.2982	156	0.2387	2754	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8891-1.9121	0.2636	149	0.2223	2777	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9121-1.9363	0.2776	128	0.2284	2810	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9363-1.9618	0.2654	145	0.2172	2757	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9618-1.9886	0.2378	156	0.217	2753	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9886-2.0171	0.2482	160	0.2024	2797	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0171-2.0472	0.2494	161	0.2012	2750	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0472-2.0791	0.2261	156	0.1867	2788	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0791-2.1132	0.2315	122	0.1832	2794	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1132-2.1497	0.2228	142	0.1788	2787	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1497-2.1888	0.2213	135	0.1788	2802	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1888-2.2309	0.1968	138	0.1744	2823	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2309-2.2764	0.234	146	0.1758	2808	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2764-2.3259	0.2109	137	0.1735	2800	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3259-2.38	0.2176	146	0.1735	2835	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.4395	0.1948	136	0.1706	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4395-2.5054	0.2121	141	0.1685	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5054-2.5791	0.1787	134	0.1631	2830	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5791-2.6624	0.1866	158	0.1553	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6624-2.7575	0.1722	168	0.1568	2760	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7575-2.8679	0.2033	183	0.1648	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8679-2.9984	0.1953	149	0.1622	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9984-3.1564	0.2036	165	0.1676	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1564-3.354	0.1907	149	0.1627	2830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.354-3.6129	0.1888	151	0.1505	2822	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6129-3.9761	0.1653	140	0.1508	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9761-4.5508	0.1684	118	0.143	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5508-5.7307	0.1695	166	0.1568	2835	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7307-39.6909	0.1536	154	0.1723	2853	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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