PDB-6jrb: ZHD/W183F complex with bZOL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jrb

タイトル

ZHD/W183F complex with bZOL

要素

Zearalenone hydrolase

キーワード

HYDROLASE / LACTONASE / ALPHA-BETA FOLD / ZEARALENONE DEGRADE

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-ZHB / Zearalenone lactonase

機能・相同性情報

生物種

Clonostachys rosea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hu, X.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ZHD complex
著者: Hu, X.J. / Zhou, H.J. / Li, L.

履歴

登録	2019年4月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jrb.cif.gz	131 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jrb.ent.gz	101.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jrb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jrb_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jrb_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6jrb_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	6jrb_validation.cif.gz	37.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jrb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jqzC 6jr2C 6jr5C 6jr9C 6jraC 6jrcC 6jrdC 5c8zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c81-d 5c7y-d 6jrc-d 6jrd-d 5c8x-d 6jr2-d 5c8z-d 6jr9-d 5xmw-d 6jr5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Zearalenone hydrolase

B: Zearalenone hydrolase

ヘテロ分子

63.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.689, 90.407, 113.148
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Zearalenone hydrolase 分子量: 30979.938 Da / 分子数: 2 / 変異: W183F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clonostachys rosea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9XBU7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZHB / (3S,7S,11E)-7,14,16-trihydroxy-3-methyl-3,4,5,6,7,8,9,10-octahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecin-1-one / 2β-メチル-6β,15,17-トリヒドロキシ-12,13-ブタノ-1-オキサシクロテトラデカン-10,15(13),(以下略) 分子量: 320.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium phosphate, imidazole, potassium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 71121 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.973 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 29.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 3514 / CC_1/2: 0.898 / R_pim(I) all: 0.198 / R_rim(I) all: 0.693

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5c8z

5c8z

解像度: 1.8→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 1.632 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.084 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.16971	3674	5.2 %	RANDOM
R_work	0.14387	-	-	-
obs	0.14518	67375	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.833 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.98 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4104	0	82	365	4551

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4592
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4127
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.668	6297
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.607	1.598	9631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.397	5	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.646	22.991	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.524	15	699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.501	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	932
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.774	1.875	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.771	1.873	2279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.361	2.803	2892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.364	2.806	2893
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.354	2.244	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.353	2.244	2313
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.803	3.22	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.624	23.729	5323
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.621	23.713	5321
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.212	278	-
R_work	0.194	4856	-
obs	-	-	98.33 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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