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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jr9 | ||||||
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タイトル | ZHD/W183F complex with ZEN | ||||||
![]() | Zearalenone hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / LACTONASE / ALPHA-BETA FOLD / ZEARALENONE DEGRADE | ||||||
機能・相同性 | glycerolipid catabolic process / triacylglycerol lipase activity / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / : / Chem-ZER / Zearalenone lactonase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hu, X.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of ZHD complex 著者: Hu, X.J. / Zhou, H.J. / Li, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30979.938 Da / 分子数: 2 / 変異: W183F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium phosphate, imidazole, potassium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→113.52 Å / Num. obs: 82387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.632 / Num. unique obs: 6011 / CC1/2: 0.947 / Rpim(I) all: 0.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5c8z 解像度: 1.72→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.372 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.306 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.72→35 Å
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拘束条件 |
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