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万見
- PDB-6jr7: Flavobacterium johnsoniae GH31 dextranase, FjDex31A, complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jr7
タイトルFlavobacterium johnsoniae GH31 dextranase, FjDex31A, complexed with glucose
要素Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
キーワードHYDROLASE / dextranase / Flavobacterium johnsoniae / dextran / isomaltose / GH31
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,4-glucosidase activity / alpha-glucosidase / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily ...: / Domain of unknown function DUF5110 / Domain of unknown function (DUF5110) / Glycoside hydrolase family 31, N-terminal domain / Glycosyl hydrolase 31 N-terminal galactose mutarotase-like domain / : / Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 31 / Glycosyl hydrolases family 31 TIM-barrel domain / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
類似検索 - 構成要素
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Tonozuka, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16K07687 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into polysaccharide recognition by Flavobacterium johnsoniae dextranase, a member of glycoside hydrolase family 31.
著者: Tsutsumi, K. / Gozu, Y. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T.
履歴
登録2019年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年4月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
B: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
C: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
D: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,34021
ポリマ－384,7304
非ポリマー2,61017
水60,2603345
1
A: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8205
ポリマ－96,1821
非ポリマー6384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28800 Å2
手法PISA
2
B: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8205
ポリマ－96,1821
非ポリマー6384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area28730 Å2
手法PISA
3
C: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8205
ポリマ－96,1821
非ポリマー6384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
4
D: Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8796
ポリマ－96,1821
非ポリマー6975
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.591, 102.602, 114.130
Angle α, β, γ (deg.)87.05, 113.07, 118.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Candidate alpha-glycosidase Glycoside hydrolase family 31 / Dextranase


分子量: 96182.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4430 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5FBI1, alpha-glucosidase
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-6DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM sodium acetate buffer, 8% (w/v) polyethylene glycol 20000, and 8% 2-methyl-2,4-pentanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→35.2 Å / Num. obs: 430825 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 19944 / % possible all: 88

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JR6

6jr6


解像度: 1.75→35.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Leu308-Gln309 adopts a cis conformation yet the electron density is clearly seen. Two glucose molecules are found as a continuous electron density map, which can be modeled as an isomaltose ...詳細: Leu308-Gln309 adopts a cis conformation yet the electron density is clearly seen. Two glucose molecules are found as a continuous electron density map, which can be modeled as an isomaltose molecule. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1855 20212 5 %RANDOM
Rwork0.1622 ---
obs0.1633 384478 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.65 Å2 / Biso mean: 23.002 Å2 / Biso min: 11.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26340 0 176 3345 29861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01327308
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0350.01724388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7361.65136974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.341.58556841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.63753268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04523.5371504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.963154615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.76215121
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.23375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0230634
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.025941
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 1396 -
Rwork0.251 26700 -
all-28096 -
obs--89.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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