PDB-6jr5: ZHD/H242A complex with bZOL

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jr5

タイトル

ZHD/H242A complex with bZOL

要素

Zearalenone hydrolase

キーワード

HYDROLASE / LACTONASE / ALPHA-BETA FOLD / ZEARALENONE DEGRADE

機能・相同性

: / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-ZHB / Zearalenone lactonase

機能・相同性情報

生物種

Clonostachys rosea (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Hu, X.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of ZHD complex
著者: Hu, X.J. / Zhou, H.J. / Li, L.

履歴

登録	2019年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jr5.cif.gz	122.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jr5.ent.gz	94 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jr5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jr5_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jr5_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6jr5_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	6jr5_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jr5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/6jr5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jqzC 6jr2C 6jr9C 6jraC 6jrbC 6jrcC 6jrdC 5c8zS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c7y-d 6jr9-d 6jrb-d 5c8x-d 5c81-d 6jrc-d 5xmw-d 5c8z-d 5xk2-d 6jrd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Zearalenone hydrolase

B: Zearalenone hydrolase

ヘテロ分子

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.610, 91.680, 113.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Zearalenone hydrolase 分子量: 30951.902 Da / 分子数: 2 / 変異: H242A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clonostachys rosea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N9XBU7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ZHB / (3S,7S,11E)-7,14,16-trihydroxy-3-methyl-3,4,5,6,7,8,9,10-octahydro-1H-2-benzoxacyclotetradecin-1-one / 2β-メチル-6β,15,17-トリヒドロキシ-12,13-ブタノ-1-オキサシクロテトラデカン-10,15(13),(以下略) 分子量: 320.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₄O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium phosphate, imidazole, potassium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97916 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→113.64 Å / Num. obs: 47254 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.103 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 2.08→2.13 Å / R_merge(I) obs: 0.627 / Num. unique obs: 3470 / CC_1/2: 0.866 / R_pim(I) all: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5c8z

5c8z

解像度: 2.08→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 5.485 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23508	2354	5 %	RANDOM
R_work	0.18908	-	-	-
obs	0.1913	44837	99.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.24 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.08→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4086	0	58	215	4359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4360
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3931
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.654	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.437	1.582	9153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.938	5	556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.828	23.168	202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.827	15	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.272	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	874
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.728	3.526	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.716	3.525	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.756	5.29	2762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.758	5.291	2763
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.631	3.936	2163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.63	3.937	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.321	5.74	3213
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.733	42.959	4934
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.725	42.903	4919
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.078→2.132 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	197	-
R_work	0.291	3260	-
obs	-	-	99.54 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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