[日本語] English
万見
- PDB-6jqw: Crystal structure of a hydrogenase from Trichosporon moniliiforme -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jqw
タイトルCrystal structure of a hydrogenase from Trichosporon moniliiforme
要素Salicylate decarboxylase
キーワードHYDROLASE / Structure function / Salicylate / decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


salicylate decarboxylase / secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Salicylate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.437 Å
データ登録者Qin, H.M. / Chen, X.T.
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Basis of Salicylic Acid Decarboxylase Reveals a Unique Substrate Recognition Mode and Access Channel.
著者: Gao, X. / Wu, M. / Zhang, W. / Li, C. / Guo, R.T. / Dai, Y. / Liu, W. / Mao, S. / Lu, F. / Qin, H.M.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Salicylate decarboxylase
B: Salicylate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4454
ポリマ－80,3142
非ポリマー1312
水14,934829
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6240 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area23370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.691, 93.763, 128.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Salicylate decarboxylase / Salicylic acid decarboxylase


分子量: 40157.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cutaneotrichosporon moniliiforme (菌類)
遺伝子: sdc / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CT50, salicylate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 829 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 % / Mosaicity: 0.603 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG400, NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.437→25 Å / Num. obs: 127185 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.888 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.44-1.496.40.573125630.8830.2350.6210.44299.8
1.49-1.557.20.459125780.9230.180.4930.464100
1.55-1.627.30.336125640.960.1310.3620.495100
1.62-1.717.40.259126330.9750.10.2780.543100
1.71-1.817.50.194126340.9840.0750.2080.604100
1.81-1.957.60.136126400.9920.0520.1450.703100
1.95-2.157.80.097127130.9950.0370.1030.898100
2.15-2.468.10.078127400.9960.0290.0841.133100
2.46-3.18.20.061128410.9980.0230.0651.391100
3.1-257.90.05132790.9980.0190.0531.87799.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dvt

2dvt


解像度: 1.437→24.842 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.72
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1775 1999 1.57 %RANDOM
Rwork0.1522 ---
obs0.1526 127071 99.61 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.437→24.842 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5670 0 2 829 6501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0527904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1192132
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087792
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4371-1.47310.21631340.20048412X-RAY DIFFRACTION95
1.4731-1.51290.19551420.17848887X-RAY DIFFRACTION100
1.5129-1.55740.20761430.16528869X-RAY DIFFRACTION100
1.5574-1.60770.20191410.15538857X-RAY DIFFRACTION100
1.6077-1.66510.17821420.14758891X-RAY DIFFRACTION100
1.6651-1.73180.17931430.14698901X-RAY DIFFRACTION100
1.7318-1.81060.18081420.14658931X-RAY DIFFRACTION100
1.8106-1.9060.17531420.1478931X-RAY DIFFRACTION100
1.906-2.02540.16731420.14488914X-RAY DIFFRACTION100
2.0254-2.18170.17731440.14338964X-RAY DIFFRACTION100
2.1817-2.4010.17761440.15239005X-RAY DIFFRACTION100
2.401-2.74810.19641450.16259036X-RAY DIFFRACTION100
2.7481-3.46080.17441450.15659091X-RAY DIFFRACTION100
3.4608-24.84530.15671500.14269383X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.5399 Å / Origin y: 1.5901 Å / Origin z: 3.1792 Å
111213212223313233
T0.2037 Å20.0012 Å2-0.0062 Å2-0.0448 Å20.0205 Å2--0.0194 Å2
L0.2839 °2-0.0342 °2-0.053 °2-0.7275 °20.2492 °2--0.4253 °2
S0.0012 Å °-0.0005 Å °0.0011 Å °0.0337 Å °-0.0199 Å °0.0109 Å °-0.0122 Å °-0.0056 Å °0.0116 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る