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- PDB-6jqf: Crystallization analysis of a beta-N-acetylhexosaminidase (Am2136... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jqf
タイトルCrystallization analysis of a beta-N-acetylhexosaminidase (Am2136) from Akkermansia muciniphila
要素Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core
キーワードHYDROLASE / Keywords:Beta-N-acetylhexosaminidas / Crystallographic evidence / Catalytic mechanism / Akkermansia muciniphila
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-N-acetylhexosaminidase / beta-N-acetylhexosaminidase activity / : / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Beta-hexosaminidase / Glycoside hydrolase family 20, catalytic domain / Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-hexosaminidase Amuc_2136
類似検索 - 構成要素
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, M. / Chen, X.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Biochemical characteristics and crystallographic evidence for substrate-assisted catalysis of a beta-N-acetylhexosaminidase in Akkermansia muciniphila.
著者: Chen, X. / Li, M. / Wang, Y. / Tang, R. / Zhang, M.
履歴
登録2019年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8287
ポリマ－82,4521
非ポリマー3766
水12,430690
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area29680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.819, 114.548, 128.073
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1556-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core


分子量: 82451.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_2136 / 発現宿主: Enterobacteria phage L1 (ファージ) / 参照: UniProt: B2UPR7
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5; 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 62210 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.888 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6611.91.099103380.8850.3311.1480.652100
1.66-1.7211.60.769103040.9320.2360.8060.707100
1.72-1.810.80.548103170.9490.1730.5750.74899.8
1.8-1.912.50.38103290.9710.1130.3970.837100
1.9-2.0212.60.273103480.9810.0810.2840.95100
2.02-2.1712.50.207103810.9860.0620.2161.061100
2.17-2.3912.10.169103930.9890.0510.1761.128100
2.39-2.7412.10.138104150.9910.0410.1441.08599.7
2.74-3.4513.50.115104840.9950.0320.1190.95999.9
3.45-5012.50.098106520.9920.0290.1030.70998.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
MoRDa位相決定
精密化解像度: 1.9→49.72 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 3018 4.85 %
Rwork0.1589 --
obs0.1604 62210 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.92 Å2 / Biso mean: 30.9058 Å2 / Biso min: 14.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→49.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5745 0 20 690 6455
Biso mean--28.21 36.86 -
残基数----734
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92970.2468940.20492397249186
1.9297-1.96130.26881350.20922501263693
1.9613-1.99520.24611420.19322652279498
1.9952-2.03140.24161460.18962649279598
2.0314-2.07050.23391230.172326982821100
2.0705-2.11280.22711220.170827042826100
2.1128-2.15870.22631310.166527252856100
2.1587-2.20890.21381420.1627122854100
2.2089-2.26420.18891070.158527192826100
2.2642-2.32540.21251380.159527032841100
2.3254-2.39380.22091500.163327042854100
2.3938-2.47110.20131480.164727102858100
2.4711-2.55940.22771390.1662679281899
2.5594-2.66190.21331460.170827202866100
2.6619-2.7830.23431540.175326892843100
2.783-2.92970.18971410.16427432884100
2.9297-3.11320.20391230.165427412864100
3.1132-3.35360.17741320.15842740287299
3.3536-3.69090.17781450.14962647279297
3.6909-4.22480.16321600.13392740290099
4.2248-5.32180.1351540.1252767292199
5.3218-49.73670.1561460.17032852299898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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