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- PDB-6jq9: Crystal structure of a lyase from Alteromonas sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jq9
タイトルCrystal structure of a lyase from Alteromonas sp.
要素Short ulvan lyase
キーワードLYASE
機能・相同性BNR repeat-containing family member / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / lyase activity / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / Ulvan lyase, short isoform
機能・相同性情報
生物種Alteromonas sp. LOR (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Qin, H.M. / Guo, Q.Q.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Biochemical characterization and structural analysis of ulvan lyase from marine Alteromonas sp. reveals the basis for its salt tolerance.
著者: Qin, H.M. / Gao, D. / Zhu, M. / Li, C. / Zhu, Z. / Wang, H. / Liu, W. / Tanokura, M. / Lu, F.
履歴
登録2019年3月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short ulvan lyase
B: Short ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2999
ポリマ－109,8512
非ポリマー4497
水24,4281356
1
A: Short ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1985
ポリマ－54,9251
非ポリマー2724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19320 Å2
手法PISA
2
B: Short ulvan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1024
ポリマ－54,9251
非ポリマー1763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.048, 121.768, 124.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Short ulvan lyase


分子量: 54925.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas sp. LOR (バクテリア)
遺伝子: LOR_107 / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A109PTH9
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / Mosaicity: 0.484 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: CaAcc2, PEG 8000, Nacacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 114029 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.839 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 2791147
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.8-1.8623.20.865112470.9660.1810.8840.617
1.86-1.9423.70.611112930.9820.1270.6240.758
1.94-2.0324.40.41113060.9890.0840.4190.812
2.03-2.1324.50.301112920.9930.0610.3070.92
2.13-2.2724.80.229113330.9950.0460.2340.919
2.27-2.44250.177113330.9960.0360.1810.825
2.44-2.69250.142113950.9970.0290.1440.923
2.69-3.08250.111114410.9980.0220.1130.926
3.08-3.8724.90.09115010.9980.0180.0920.937
3.87-2524.10.072118880.9990.0150.0740.734

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.81→24.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 3.999 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2885 5736 5 %RANDOM
Rwork0.2353 ---
obs0.238 108203 99.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 162.07 Å2 / Biso mean: 21.409 Å2 / Biso min: 7.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.95 Å2-0 Å20 Å2
2--0.78 Å2-0 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→24.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7659 0 19 1357 9035
Biso mean--69.64 35.3 -
残基数----965
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0137913
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.64310740
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3761.58415535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.525964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.82423.243444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.167151186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2291530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.029092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021814
LS精密化 シェル解像度: 1.811→1.858 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 371 -
Rwork0.262 6973 -
all-7344 -
obs--88.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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