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- PDB-6jo0: Crystal structure of the DTS-motif rhodopsin from Phaeocystis glo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jo0
タイトルCrystal structure of the DTS-motif rhodopsin from Phaeocystis globosa virus 12T
要素VirRDTS
キーワードMEMBRANE PROTEIN / microbial type rhodopsin from virus
機能・相同性
機能・相同性情報


Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / DODECANE / nonane / HEXANE / N-OCTANE / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / RETINAL / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Phaeocystis globosa virus 12T (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.651 Å
データ登録者Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: A distinct lineage of giant viruses brings a rhodopsin photosystem to unicellular marine predators.
著者: Needham, D.M. / Yoshizawa, S. / Hosaka, T. / Poirier, C. / Choi, C.J. / Hehenberger, E. / Irwin, N.A.T. / Wilken, S. / Yung, C.M. / Bachy, C. / Kurihara, R. / Nakajima, Y. / Kojima, K. / ...著者: Needham, D.M. / Yoshizawa, S. / Hosaka, T. / Poirier, C. / Choi, C.J. / Hehenberger, E. / Irwin, N.A.T. / Wilken, S. / Yung, C.M. / Bachy, C. / Kurihara, R. / Nakajima, Y. / Kojima, K. / Kimura-Someya, T. / Leonard, G. / Malmstrom, R.R. / Mende, D.R. / Olson, D.K. / Sudo, Y. / Sudek, S. / Richards, T.A. / DeLong, E.F. / Keeling, P.J. / Santoro, A.E. / Shirouzu, M. / Iwasaki, W. / Worden, A.Z.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation_author / struct / Item: _citation_author.identifier_ORCID / _struct.title
改定 1.32019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VirRDTS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,63720
ポリマ－28,0871
非ポリマー2,55019
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area12980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.194, 57.832, 117.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 VirRDTS


分子量: 28087.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phaeocystis globosa virus 12T (ウイルス)
遺伝子: PGAG_00290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G8DI69

-
非ポリマー , 9種, 111分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#6: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#7: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#8: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#9: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: Na-citrate (pH 5.5), 150 mM Na-phosphate, 25% PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.19 Å / Num. obs: 37658 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 24.21 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.65-1.686.61.62818190.6030.6781.76799
9.04-45.195.50.0462840.9960.0220.05198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B2N

5b2n


解像度: 1.651→42.16 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 1855 4.94 %
Rwork0.1918 --
obs0.1926 37586 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.63 Å2 / Biso mean: 31.9584 Å2 / Biso min: 17.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.651→42.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 168 92 2212
Biso mean--47.77 40.52 -
残基数----224
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6511-1.69570.30811510.30352679283099
1.6957-1.74560.32481590.279326902849100
1.7456-1.80190.32121240.260327152839100
1.8019-1.86640.25731480.240627142862100
1.8664-1.94110.21221430.200827032846100
1.9411-2.02940.19451190.180827332852100
2.0294-2.13640.18571260.165927542880100
2.1364-2.27030.19091610.158927202881100
2.2703-2.44550.17731530.155227322885100
2.4455-2.69160.17381440.154627422886100
2.6916-3.0810.17231350.170727902925100
3.081-3.88130.21151530.186628002953100
3.8813-42.17360.22151390.213429593098100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.28851.1419-0.33272.7919-2.00194.0041-0.06160.034-0.0449-0.7618-0.06070.15320.4072-0.03340.02710.20620.0127-0.02050.208-0.02720.14872.8776-30.7565-28.7905
21.441.43940.16622.2128-0.2261.7278-0.02010.09720.0752-0.03140.10740.1426-0.0814-0.0317-0.03970.2790.0011-0.01020.2496-0.00250.197511.5451-25.503-27.9713
31.29260.76840.32874.6194-0.2391.9880.06510.0431-0.12220.1719-0.02290.01790.09920.1029-0.03020.26050.0183-0.00180.2504-0.0020.168712.8217-31.8645-19.1714
40.8070.1454-0.15852.3425-1.55032.02050.0228-0.10980.08750.291-0.0863-0.2281-0.19490.09120.03950.3670.0074-0.0520.2618-0.02990.204518.4961-22.4905-10.5266
51.5487-0.69690.75522.6468-0.38212.4151-0.0435-0.13390.14460.20440.05490.2284-0.0966-0.2322-0.02150.25670.01630.02560.2537-0.00980.18884.4177-25.6586-14.9546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 34 )A3 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 63 )A35 - 63
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 64 through 101 )A64 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 102 through 167 )A102 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 168 through 225 )A168 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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