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- PDB-6jlu: Structure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jlu
タイトルStructure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoceros gracilis at 3.02 angstrom resolution
要素
  • (Extrinsic protein in photosystem ...) x 3
  • (Photosystem II reaction center ...) x 2
  • Cytochrome c-550
  • FCP-A
  • FCP-D
  • FCP-E
  • FCP-F
  • Psb31
  • Psb34
  • PsbA
  • PsbB
  • PsbC
  • PsbD
  • PsbE
  • PsbF
  • PsbG
  • PsbI
  • PsbJ
  • PsbK
  • PsbL
  • PsbM
  • PsbT
  • PsbW
  • PsbY
  • PsbZ
キーワードPLANT PROTEIN / PSII-FCP supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II assembly / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthesis / respiratory electron transport chain ...photosystem II assembly / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily ...PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbU, oxygen evolving complex / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) / Photosystem II PsbV, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II cytochrome c-550 precursor / Cytochrome c-550 domain / Cytochrome c-550 domain / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II PsbX, type 1 subfamily / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 ...Chem-A86 / BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Extrinsic protein in photosystem II / Extrinsic protein in photosystem II / Photosystem II 12 kDa extrinsic protein / Photosystem II reaction center protein X / Photosystem II extrinsic protein V / Photosystem II reaction center protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetoceros gracilis (珪藻)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Pi, X. / Zhao, S. / Wang, W. / Kuang, T. / Sui, S. / Shen, J.
引用ジャーナル: Science / : 2019
タイトル: The pigment-protein network of a diatom photosystem II-light-harvesting antenna supercomplex.
著者: Xiong Pi / Songhao Zhao / Wenda Wang / Desheng Liu / Caizhe Xu / Guangye Han / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen /
要旨: Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light ...Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light intensity. We report a cryo-electron microscopy structure of the photosystem II (PSII)-fucoxanthin (Fx) chlorophyll (Chl) a/c binding protein (FCPII) supercomplex from the centric diatom The supercomplex comprises two protomers, each with two tetrameric and three monomeric FCPIIs around a PSII core that contains five extrinsic oxygen-evolving proteins at the lumenal surface. The structure reveals the arrangement of a huge pigment network that contributes to efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation processes in the diatoms.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9839
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PsbA
B: PsbB
C: PsbC
D: PsbD
E: PsbE
F: PsbF
G: Psb31
H: Photosystem II reaction center protein H
I: PsbI
J: PsbJ
K: PsbK
L: PsbL
M: PsbM
N: Psb34
O: Extrinsic protein in photosystem II
P: FCP-D
Q: Extrinsic protein in photosystem II
R: PsbG
T: PsbT
U: Extrinsic protein in photosystem II
V: Cytochrome c-550
W: PsbW
X: Photosystem II reaction center X protein
Y: PsbY
Z: PsbZ
a: PsbA
b: PsbB
c: PsbC
d: PsbD
e: PsbE
f: PsbF
g: Psb31
h: Photosystem II reaction center protein H
i: PsbI
j: PsbJ
k: PsbK
l: PsbL
m: PsbM
n: Psb34
o: Extrinsic protein in photosystem II
p: FCP-D
q: Extrinsic protein in photosystem II
r: PsbG
t: PsbT
u: Extrinsic protein in photosystem II
v: Cytochrome c-550
w: PsbW
x: Photosystem II reaction center X protein
y: PsbY
z: PsbZ
0: FCP-E
1: FCP-A
2: FCP-A
3: FCP-A
4: FCP-A
5: FCP-A
6: FCP-A
7: FCP-A
8: FCP-A
9: FCP-F
10: FCP-E
11: FCP-A
12: FCP-A
13: FCP-A
14: FCP-A
15: FCP-A
16: FCP-A
17: FCP-A
18: FCP-A
19: FCP-F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,534,413606
ポリマ-1,124,52570
非ポリマー409,888536
181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, PSII-FCP supercomplex
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

-
タンパク質 , 14種, 42分子 AaBbCcDdEeGgPpRrVvWwZz010123456...

#1: タンパク質 PsbA


分子量: 39575.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#2: タンパク質 PsbB


分子量: 56475.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#3: タンパク質 PsbC


分子量: 49357.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#4: タンパク質 PsbD


分子量: 37983.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#5: タンパク質 PsbE


分子量: 9062.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#7: タンパク質 Psb31


分子量: 18733.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#16: タンパク質 FCP-D


分子量: 24667.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#18: タンパク質 PsbG


分子量: 6230.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#21: タンパク質 Cytochrome c-550 / Cytochrome c550


分子量: 14920.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF4
#22: タンパク質 PsbW


分子量: 5720.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#25: タンパク質 PsbZ


分子量: 6417.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#26: タンパク質 FCP-E


分子量: 18781.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#27: タンパク質
FCP-A


分子量: 18988.840 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#28: タンパク質 FCP-F


分子量: 18214.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
タンパク質・ペプチド , 9種, 18分子 FfIiJjKkLlMmNnTtYy

#6: タンパク質・ペプチド PsbF


分子量: 3652.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#9: タンパク質・ペプチド PsbI


分子量: 3940.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#10: タンパク質・ペプチド PsbJ


分子量: 3487.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#11: タンパク質・ペプチド PsbK


分子量: 4225.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#12: タンパク質・ペプチド PsbL


分子量: 4367.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#13: タンパク質・ペプチド PsbM


分子量: 4358.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#14: タンパク質・ペプチド Psb34


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#19: タンパク質・ペプチド PsbT


分子量: 3711.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)
#24: タンパク質・ペプチド PsbY


分子量: 3634.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻)

-
Photosystem II reaction center ... , 2種, 4分子 HhXx

#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H


分子量: 7188.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B7XBY7
#23: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center X protein


分子量: 3502.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF2

-
Extrinsic protein in photosystem ... , 3種, 6分子 OoQqUu

#15: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II


分子量: 26820.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE8
#17: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II


分子量: 22585.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE9
#20: タンパク質 Extrinsic protein in photosystem II


分子量: 10167.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF0

-
, 1種, 14分子

#39: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : C51H96O15

-
非ポリマー , 17種, 523分子

#29: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : CaMn4O5
#30: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Fe
#31: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 合成 / : C55H72MgN4O5
#32: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C55H74N4O5
#33: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / : C40H56
#34: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / : C41H78O12S
#35: 化合物
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C53H80O2
#36: 化合物...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / : C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#37: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#38: 化合物...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / : C45H86O10
#40: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#41: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#42: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1


分子量: 610.941 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / : C35H30MgN4O5
#43: 化合物...
ChemComp-A86 / (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'-yl acetate / Fucoxanthin


分子量: 658.906 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 合成 / : C42H58O6
#44: 化合物 ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin


分子量: 582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C40H54O3
#45: 化合物...
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / : C35H28MgN4O5
#46: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

配列の詳細Complete sequence of entities Psb34, PsbR, PsbW and FCP-E are unknown.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSII-FCP supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12RELION3分類
13RELION33次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42033 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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