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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jlu | ||||||
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タイトル | Structure of PSII-FCP supercomplex from a centric diatom Chaetoceros gracilis at 3.02 angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | PLANT PROTEIN / PSII-FCP supercomplex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthesis / respiratory electron transport chain ...photosystem II assembly / photosystem II stabilization / thylakoid / photosystem II / extrinsic component of membrane / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chaetoceros gracilis (珪藻) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Pi, X. / Zhao, S. / Wang, W. / Kuang, T. / Sui, S. / Shen, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: The pigment-protein network of a diatom photosystem II-light-harvesting antenna supercomplex. 著者: Xiong Pi / Songhao Zhao / Wenda Wang / Desheng Liu / Caizhe Xu / Guangye Han / Tingyun Kuang / Sen-Fang Sui / Jian-Ren Shen / 要旨: Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light ...Diatoms play important roles in global primary productivity and biogeochemical cycling of carbon, in part owing to the ability of their photosynthetic apparatus to adapt to rapidly changing light intensity. We report a cryo-electron microscopy structure of the photosystem II (PSII)-fucoxanthin (Fx) chlorophyll (Chl) a/c binding protein (FCPII) supercomplex from the centric diatom The supercomplex comprises two protomers, each with two tetrameric and three monomeric FCPIIs around a PSII core that contains five extrinsic oxygen-evolving proteins at the lumenal surface. The structure reveals the arrangement of a huge pigment network that contributes to efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation processes in the diatoms. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jlu.cif.gz | 2.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6jlu.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6jlu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jlu_validation.pdf.gz | 25.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6jlu_full_validation.pdf.gz | 27.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6jlu_validation.xml.gz | 535.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jlu_validation.cif.gz | 637 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/6jlu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/6jlu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 14種, 42分子 AaBbCcDdEeGgPpRrVvWwZz010123456...
#1: タンパク質 | 分子量: 39575.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #2: タンパク質 | 分子量: 56475.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #3: タンパク質 | 分子量: 49357.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #4: タンパク質 | 分子量: 37983.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #5: タンパク質 | 分子量: 9062.132 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #7: タンパク質 | 分子量: 18733.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #16: タンパク質 | 分子量: 24667.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #18: タンパク質 | 分子量: 6230.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #21: タンパク質 | 分子量: 14920.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF4 #22: タンパク質 | 分子量: 5720.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #25: タンパク質 | 分子量: 6417.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #26: タンパク質 | 分子量: 18781.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #27: タンパク質 | 分子量: 18988.840 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #28: タンパク質 | 分子量: 18214.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) |
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-タンパク質・ペプチド , 9種, 18分子 FfIiJjKkLlMmNnTtYy
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3652.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3940.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3487.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4225.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4367.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #13: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4358.022 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2571.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #19: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3711.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) #24: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3634.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) |
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-Photosystem II reaction center ... , 2種, 4分子 HhXx
#8: タンパク質 | 分子量: 7188.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B7XBY7 #23: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3502.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF2 |
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-Extrinsic protein in photosystem ... , 3種, 6分子 OoQqUu
#15: タンパク質 | 分子量: 26820.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE8 #17: タンパク質 | 分子量: 22585.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHE9 #20: タンパク質 | 分子量: 10167.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chaetoceros gracilis (珪藻) / 参照: UniProt: B6ZHF0 |
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-糖 , 1種, 14分子
#39: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 17種, 523分子
#29: 化合物 | #30: 化合物 | #31: 化合物 | ChemComp-CLA / #32: 化合物 | ChemComp-PHO / #33: 化合物 | ChemComp-BCR / #34: 化合物 | ChemComp-SQD / #35: 化合物 | ChemComp-PL9 / #36: 化合物 | ChemComp-LHG / #37: 化合物 | #38: 化合物 | ChemComp-LMG / #40: 化合物 | #41: 化合物 | ChemComp-HEM / #42: 化合物 | ChemComp-KC1 / #43: 化合物 | ChemComp-A86 / ( #44: 化合物 | #45: 化合物 | ChemComp-KC2 / #46: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | Complete sequence of entities Psb34, PsbR, PsbW and FCP-E are unknown. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSII-FCP supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chaetoceros gracilis (珪藻) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 42033 / 対称性のタイプ: POINT |