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- PDB-6jlr: Crystal structure of wild type MNK2 in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jlr
タイトルCrystal structure of wild type MNK2 in complex with inhibitor
要素MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Kinase / phosphorylation / inhibitor / MNK / kinase domain / TRANSFERASE / cancer / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / hemopoiesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / regulation of translation / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / cellular response to arsenic-containing substance / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / hemopoiesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / PML body / regulation of translation / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-[5-(1-methylpyrazol-4-yl)pyridin-3-yl]benzamide / MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.901 Å
データ登録者Baburajendran, N. / Hill, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Stepwise Evolution of Fragment Hits against MAPK Interacting Kinases 1 and 2.
著者: Kwiatkowski, J. / Liu, B. / Pang, S. / Ahmad, N.H.B. / Wang, G. / Poulsen, A. / Yang, H. / Poh, Y.R. / Tee, D.H.Y. / Ong, E. / Retna, P. / Dinie, N. / Kwek, P. / Wee, J.L.K. / Manoharan, V. / ...著者: Kwiatkowski, J. / Liu, B. / Pang, S. / Ahmad, N.H.B. / Wang, G. / Poulsen, A. / Yang, H. / Poh, Y.R. / Tee, D.H.Y. / Ong, E. / Retna, P. / Dinie, N. / Kwek, P. / Wee, J.L.K. / Manoharan, V. / Low, C.B. / Seah, P.G. / Pendharkar, V. / Sangthongpitag, K. / Joy, J. / Baburajendran, N. / Jansson, A.E. / Nacro, K. / Hill, J. / Keller, T.H. / Hung, A.W.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9412
ポリマ－35,6621
非ポリマー2781
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.111, 105.111, 72.198
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 MAP kinase-interacting serine/threonine-protein kinase 2 / MAP kinase signal-integrating kinase 2 / Mnk2


分子量: 35662.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MKNK2, GPRK7, MNK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9HBH9, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BV9 / 4-[5-(1-methylpyrazol-4-yl)pyridin-3-yl]benzamide


分子量: 278.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14N4O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 23% polyacrylic acid 5100, 2% 2-methyl-2,4-pentane diol, 100mM Hepes pH 7.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→56.57 Å / Num. obs: 18914 / % possible obs: 78.9 % / 冗長度: 5.87 % / Biso Wilson estimate: 86.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.23 / Rrim(I) all: 0.251 / Χ2: 1.15 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 111944 / Scaling rejects: 840
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRrim(I) allΧ2% possible allRejects
2.19-2.271.370.6980.44443250.980.7114
2.27-2.361.80.7370.316869380.990.7639.5
2.36-2.472.240.7590.4321414330.9660.7761.1
2.47-2.62.920.7850.5568119440.9460.9481.5
2.6-2.764.110.8210.7950622860.941.0695.6101
2.76-2.977.030.84611661223620.9141.0599.215
2.97-3.277.670.7741.31819123690.831.02999
3.27-3.757.560.6952.71835123840.7511.599325
3.75-4.727.70.27251871324030.2911.3299.2207
4.72-56.577.840.07816.41954624700.0851.0297.8183

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
d*TREK9.9.9.4 W9RSSIデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AC3

2ac3


解像度: 2.901→28.283 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 46.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3514 483 4.67 %
Rwork0.2973 9850 -
obs0.3001 10333 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.17 Å2 / Biso mean: 86.4006 Å2 / Biso min: 35.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.901→28.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2115 0 21 0 2136
Biso mean--81.67 --
残基数----268
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9005-3.31970.41161560.34833244340099
3.3197-4.18030.36511270.34053299342699
4.1803-28.28450.33692000.26963307350798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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