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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jll | |||||||||
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タイトル | XFEL structure of cyanobacterial photosystem II (2F state, dataset1) | |||||||||
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![]() | PHOTOSYNTHESIS / photosystem II / PSII / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthetic electron transport in photosystem II / phosphate ion binding / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / respiratory electron transport chain / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Suga, M. / Shen, J.R. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An oxyl/oxo mechanism for oxygen-oxygen coupling in PSII revealed by an x-ray free-electron laser. 著者: Suga, M. / Akita, F. / Yamashita, K. / Nakajima, Y. / Ueno, G. / Li, H. / Yamane, T. / Hirata, K. / Umena, Y. / Yonekura, S. / Yu, L.J. / Murakami, H. / Nomura, T. / Kimura, T. / Kubo, M. / ...著者: Suga, M. / Akita, F. / Yamashita, K. / Nakajima, Y. / Ueno, G. / Li, H. / Yamane, T. / Hirata, K. / Umena, Y. / Yonekura, S. / Yu, L.J. / Murakami, H. / Nomura, T. / Kimura, T. / Kubo, M. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Tono, K. / Yabashi, M. / Isobe, H. / Yamaguchi, K. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Shen, J.R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosystem II ... , 17種, 33分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXx...
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P51765, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR1 #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR7 #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR8, photosystem II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19052 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12240 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3974.712 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19054 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4009.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12312 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR2 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P56152 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR3 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR4 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR5 #20: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 3859.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0DM37 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9580.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12239 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A387 |
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-糖 , 3種, 41分子 




#29: 糖 | ChemComp-LMT / #36: 糖 | ChemComp-HTG / #37: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 18種, 2789分子 
































#21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | #24: 化合物 | ChemComp-CLA / #25: 化合物 | ChemComp-PHO / #26: 化合物 | ChemComp-BCR / #27: 化合物 | ChemComp-SQD / #28: 化合物 | ChemComp-GOL / #30: 化合物 | #31: 化合物 | #32: 化合物 | ChemComp-PL9 / #33: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 #34: 化合物 | ChemComp-LMG / #35: 化合物 | ChemComp-CA / #38: 化合物 | ChemComp-LHG / #39: 化合物 | ChemComp-HEM / #40: 化合物 | #41: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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配列の詳細 | ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON ...ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON DENSITY MAP. SEQUENCE DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: PEG, magnesium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2398 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 407701 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1337 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique obs: 46395 / CC1/2: 0.231 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JLJ 解像度: 2.15→19.99 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.37
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 13.0674 Å / Origin y: -13.7779 Å / Origin z: -25.4249 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |