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- PDB-6jku: Crystal structure of N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jku
タイトルCrystal structure of N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase from Pasteurella Multocida
要素N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / deacetylase / sialic acid catabolism pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pasteurella multocida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Manjunath, L. / Bose, S. / Subramanian, R.
資金援助 インド, 4件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (India)BT/INF/22/SP22660/2017 インド
Department of Biotechnology (India)BT/PR12422/MED /31/287/214 インド
Department of Biotechnology (India)BT/PR5081/INF/156/2012 インド
Department of Biotechnology (India)BT/IN/SWEDEN/06/SR/2017-2018 インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Quaternary variations in the structural assembly of N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase from Pasteurella multocida.
著者: Manjunath, L. / Coombes, D. / Davies, J. / Dhurandhar, M. / Tiwari, V.R. / Dobson, R.C.J. / Sowdhamini, R. / Ramaswamy, S. / Bose, S.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22021年3月17日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
B: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
C: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
D: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,91551
ポリマ－171,5874
非ポリマー3,32847
水20,7711153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Cryo electron microscopy was also performed
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15060 Å2
ΔGint-258 kcal/mol
Surface area51550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)89.162, 139.549, 166.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase


分子量: 42896.750 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア)
株: Pm70 / 遺伝子: BGK37_09560 / プラスミド: pET300 NT/DEST / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1E3XI56, UniProt: Q9CMF5*PLUS

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非ポリマー , 6種, 1200分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.26 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 0.8 M Sodium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.13 Å / Num. obs: 134675 / % possible obs: 89.8 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 13.96 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 6848 / CC1/2: 0.636 / Rpim(I) all: 0.526 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P50

2p50


解像度: 1.95→47.129 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1998 6601 4.9 %
Rwork0.1632 128029 -
obs0.165 134630 88.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.85 Å2 / Biso mean: 27.3031 Å2 / Biso min: 12.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→47.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11432 0 183 1154 12769
Biso mean--41.08 34.24 -
残基数----1528
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.97220.27792260.24674368459492
1.9722-1.99540.26822240.22824388461292
1.9954-2.01970.29322190.23324468468794
2.0197-2.04530.25962080.2274430463893
2.0453-2.07220.26782310.2124444467593
2.0722-2.10060.27312120.20884408462093
2.1006-2.13060.24672390.20144392463192
2.1306-2.16240.26511990.19844398459792
2.1624-2.19620.25582090.19954377458691
2.1962-2.23220.25752250.19574364458991
2.2322-2.27070.21552280.19454273450190
2.2707-2.31190.24752380.19174240447890
2.3119-2.35640.2332680.18524234450289
2.3564-2.40450.2392080.18084293450190
2.4045-2.45680.22852080.18294161436987
2.4568-2.51390.24532090.18214146435587
2.5139-2.57680.24292180.17684079429786
2.5768-2.64650.23632080.17654046425484
2.6465-2.72430.20781960.17774060425685
2.7243-2.81230.23332300.17824032426285
2.8123-2.91280.23651910.18093966415782
2.9128-3.02940.21431890.16923904409381
3.0294-3.16720.20411960.16373988418483
3.1672-3.33410.20042110.15774114432585
3.3341-3.5430.16212380.14764294453289
3.543-3.81640.15062240.13224470469492
3.8164-4.20030.15492500.12214443469391
4.2003-4.80750.13872310.11014401463290
4.8075-6.0550.15672370.1324426466390
6.055-47.14270.16372310.15254422465386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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