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- PDB-6jkp: Crystal structure of sulfoacetaldehyde reductase from Bifidobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jkp
タイトルCrystal structure of sulfoacetaldehyde reductase from Bifidobacterium kashiwanohense in complex with NAD+
要素Methanol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / sulfoacetaldehyde reductase NADH
機能・相同性Iron-type alcohol dehydrogenase-like / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / oxidoreductase activity / metal ion binding / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Methanol dehydrogenase
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium kashiwanohense PV20-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.008 Å
データ登録者Zhou, Y. / Xu, T. / Lin, L. / Zhang, Y. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)31570060 中国
National Science Foundation (China)31870049 中国
Ministry of Science and Technology (China) 中国
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2019
タイトル: Identification and characterization of a new sulfoacetaldehyde reductase from the human gut bacteriumBifidobacterium kashiwanohense.
著者: Zhou, Y. / Wei, Y. / Nanjaraj Urs, A.N. / Lin, L. / Xu, T. / Hu, Y. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y.
履歴
登録2019年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methanol dehydrogenase
B: Methanol dehydrogenase
C: Methanol dehydrogenase
D: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,2699
ポリマ－163,5504
非ポリマー2,7195
水181
1
A: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子

B: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1024
ポリマ－81,7752
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area27160 Å2
手法PISA
2
C: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子

D: Methanol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,1675
ポリマ－81,7752
非ポリマー1,3923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area26970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.881, 112.317, 93.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Methanol dehydrogenase


分子量: 40887.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium kashiwanohense PV20-2 (バクテリア)
遺伝子: AH68_00250 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A7I0A5
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5, 25% W/V PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 27084 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rpim(I) all: 0.124 / Rrim(I) all: 0.23 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.052.80.812990.5550.5911.0020.65493.3
3.05-3.1130.80113260.4930.5580.9820.61397.5
3.11-3.173.40.71313450.6730.4560.8490.68799.8
3.17-3.233.50.67913660.7030.4290.8060.72699.6
3.23-3.33.50.60213920.7030.3770.7120.79399.8
3.3-3.383.60.49113720.7960.3040.5790.81399.8
3.38-3.463.60.41413560.8680.2580.4890.92499.8
3.46-3.563.60.36713610.8680.2270.4320.92999.8
3.56-3.663.60.29813800.9280.1830.351.06799.6
3.66-3.783.60.26813480.9220.1640.3151.00199.2
3.78-3.913.60.22713800.9540.1390.2671.05999.3
3.91-4.073.50.1913580.960.1190.2250.99799.3
4.07-4.263.50.17113710.9690.1060.2020.98498.6
4.26-4.483.50.13113370.9850.0820.1551.04598.7
4.48-4.763.40.13613460.9790.0860.1621.08998.3
4.76-5.133.30.13613770.9790.0870.1620.99398.2
5.13-5.643.20.12812900.9730.0840.1541.09994.4
5.64-6.463.10.11912850.9760.0790.1431.06592.1
6.46-8.133.50.10414020.9790.0660.1231.04399.8
8.13-5030.08613930.9840.0610.1061.06997.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3247精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VHD

1vhd


解像度: 3.008→43.194 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.79
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 1983 7.34 %
Rwork0.1999 --
obs0.2043 27020 96.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.57 Å2 / Biso mean: 60.2774 Å2 / Biso min: 13.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.008→43.194 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10878 0 177 1 11056
Biso mean--78.63 44.7 -
残基数----1504
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.008-3.08320.36221100.27421429153978
3.0832-3.16650.34961480.26331786193499
3.1665-3.25970.32851400.248818351975100
3.2597-3.36490.30581290.242818471976100
3.3649-3.48510.34191640.245918141978100
3.4851-3.62450.33811370.216218301967100
3.6245-3.78940.25261410.20121842198399
3.7894-3.98910.23451540.18651800195499
3.9891-4.23880.21461390.17661836197599
4.2388-4.56570.23451440.1681821196599
4.5657-5.02460.23971430.17871811195498
5.0246-5.75020.24571420.20821746188895
5.7502-7.23910.25261390.21081780191996
7.2391-43.19880.20691530.1661860201398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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