PDB-6jkm: Crystal structure of BubR1 kinase domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jkm

タイトル

Crystal structure of BubR1 kinase domain

要素

Mitotic checkpoint control protein kinase BUB1

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Mitotic checkpoint

機能・相同性

機能・相同性情報

male meiosis sister chromatid cohesion / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / regulation of mitotic sister chromatid separation / synaptonemal complex organization / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / female meiosis sister chromatid cohesion / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of exit from mitosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Lin, L. / Ye, S. / Huang, Y. / Liu, X. / Zhang, R. / Yao, X.

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: BubR1 phosphorylates CENP-E as a switch enabling the transition from lateral association to end-on capture of spindle microtubules.
著者: Huang, Y. / Lin, L. / Liu, X. / Ye, S. / Yao, P.Y. / Wang, W. / Yang, F. / Gao, X. / Li, J. / Zhang, Y. / Zhang, J. / Yang, Z. / Liu, X. / Yang, Z. / Zang, J. / Teng, M. / Wang, Z. / Ruan, K. ...

履歴

登録	2019年3月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jkm.cif.gz	158.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jkm.ent.gz	121.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jkm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jkm_validation.pdf.gz	784.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jkm_full_validation.pdf.gz	785.6 KB	表示
XML形式データ	6jkm_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	6jkm_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jkkC 4r8qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dmz-1 3ffr-d 5dmz-2 4qpm-1 4r8q-d 4qpm-2 2bkw-d 5d7a-1 1a7l-2 1mdo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitotic checkpoint control protein kinase BUB1

ヘテロ分子

40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.333, 61.979, 96.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Mitotic checkpoint control protein kinase BUB1 / Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta 分子量: 39603.859 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: BubR1, Bub1, CG7838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O76755, UniProt: A1Z6I7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 4% PEG 3000, 0.1M Bis-tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 26399 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 0.899 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	4.7	0.576	1307	0.758	1	99.5
1.98-2.02	5	0.592	1253	0.8	1	100
2.02-2.06	5.1	0.479	1330	0.783	1	99.8
2.06-2.1	5.2	0.45	1272	0.987	1	100
2.1-2.15	5.3	0.346	1316	0.825	1	100
2.15-2.2	5.3	0.296	1312	0.807	1	100
2.2-2.25	5.4	0.32	1283	1.094	1	100
2.25-2.31	5.4	0.273	1316	0.877	1	100
2.31-2.38	5.5	0.219	1325	0.837	1	100
2.38-2.46	5.5	0.207	1286	0.806	1	100
2.46-2.54	5.5	0.191	1295	0.869	1	100
2.54-2.65	5.5	0.167	1309	0.842	1	100
2.65-2.77	5.5	0.142	1327	0.901	1	100
2.77-2.91	5.5	0.122	1315	0.908	1	100
2.91-3.1	5.5	0.101	1333	0.892	1	100
3.1-3.33	5.4	0.079	1327	0.943	1	99.9
3.33-3.67	5.3	0.073	1339	1.151	1	100
3.67-4.2	5.1	0.063	1344	1.166	1	99.9
4.2-5.29	5	0.051	1365	0.944	1	99.7
5.29-50	4.8	0.048	1445	0.775	1	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
DENZO		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R8Q

4r8q

解像度: 1.95→37.372 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2264	1145	5.11 %
R_work	0.1782	-	-
obs	0.1807	22393	84.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.93 Å² / B_iso mean: 26.54 Å² / B_iso min: 9.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→37.372 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2725	0	35	255	3015
B_iso mean	-	-	17.84	35.49	-
残基数	-	-	-	-	334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2830
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.095	3835
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	422
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.223	1057

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.95-2.0382	0.2719	69	0.2021	1599	51
2.0382-2.1456	0.2728	84	0.1868	1890	60
2.1456-2.28	0.2243	141	0.1937	2208	72
2.28-2.456	0.255	152	0.202	2823	90
2.456-2.7031	0.2555	156	0.2007	3125	99
2.7031-3.0941	0.2327	170	0.1964	3141	100
3.0941-3.8976	0.2148	188	0.1667	3177	100
3.8976-37.372	0.2085	185	0.1565	3285	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7256	0.6437	0.576	0.661	0.6065	0.5658	-0.2876	-0.0953	-0.0233	0.1342	0.0579	0.358	-0.1101	-0.0485	-0.507	0.1612	0.1066	0.1281	0.1659	0.0283	0.1105	-3.2348	37.6709	38.6219
2	0.0619	-0.0202	-0.0739	0.0531	0.0484	0.1303	0.0708	0.1885	0.0567	-0.1358	-0.1369	0.2719	-0.024	-0.2732	0.0079	0.1817	0.0227	-0.0421	0.1703	-0.0454	0.3902	-11.7143	28.1971	19.7739
3	0.4622	-0.0606	0.0426	0.0776	0.0265	0.0198	0.0857	0.1774	-0.302	0.0224	-0.0764	0.217	-0.1614	-0.0759	0.0015	0.2325	0.039	-0.0041	0.1317	-0.0082	0.1941	-3.419	25.241	17.5152
4	0.0846	-0.1315	-0.0431	0.1689	0.0816	0.1133	-0.0018	-0.0243	-0.0304	0.0583	-0.0155	0.028	-0.0773	-0.0206	0.0006	0.1341	0.0061	-0.0024	0.1076	-0.0004	0.16	4.0567	34.2643	28.3905
5	0.0996	0.0421	0.0717	0.0732	0.0816	0.0953	-0.0881	0.0984	-0.0331	0.0543	0.0151	0.0231	0.0252	0.0077	-0.051	0.1399	-0.0101	0.0321	0.1339	-0.0111	0.2011	10.5977	18.8328	21.7618
6	0.3146	-0.1057	0.0928	0.2992	-0.0646	0.3793	-0.1164	0.0064	-0.014	0.0685	0.0523	-0.0677	-0.0697	0.0698	-0.062	0.1013	-0.0064	-0.0099	0.0981	0.0106	0.1035	17.4463	28.1332	29.3452
7	0.6741	-0.095	-0.0631	0.1426	0.087	0.0635	-0.1651	-0.2729	-0.2888	0.3514	0.1202	0.0706	-0.0947	0.0945	0.0161	0.2585	0.0866	0.0353	0.2441	0.106	0.1031	13.0029	23.7406	48.8121
8	0.0263	0.0035	0.0202	0.0218	-0.0289	0.0665	-0.0629	-0.0682	-0.0875	0.1639	-0.0145	-0.0203	0.0309	0.0145	0.0048	0.1895	-0.0062	-0.0353	0.188	0.0269	0.1643	20.0723	20.1467	36.3714
9	0.1121	-0.0262	-0.0382	0.0708	-0.0253	0.0289	-0.0982	0.0359	-0.2334	0.1848	0.0143	0.0979	0.2036	0.0403	-0.0519	0.3167	0.0765	-0.0013	0.2382	0.1994	0.2536	24.6589	12.0666	44.0307
10	0.6034	0.3016	-0.213	0.3403	-0.0686	0.2788	-0.0906	-0.2206	-0.1486	0.1865	-0.0919	-0.2087	-0.0322	0.1596	-0.2126	0.1806	0.0194	-0.0397	0.2297	0.0534	0.1375	29.5934	19.9319	39.6355
11	0.1056	-0.1346	0.105	0.1926	-0.1728	0.209	-0.074	0.1098	-0.0888	-0.0361	-0.0234	-0.1677	-0.1461	0.1618	-0.1743	0.1184	-0.0362	0.0253	0.2256	0.0028	0.1663	30.4881	22.6958	21.3252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1126 through 1155 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1156 through 1172 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1173 through 1199 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1200 through 1241 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1242 through 1274 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1275 through 1335 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1336 through 1363 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1364 through 1380 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 1381 through 1397 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 1398 through 1428 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 1429 through 1459 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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