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- PDB-6jjj: Trimeric structure of Kupffer cell C-type lectin receptor Clec4f -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jjj
タイトルTrimeric structure of Kupffer cell C-type lectin receptor Clec4f
要素C-type lectin domain family 4 member F
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / C-type lectin receptor / Clec4f / Kupffer cell receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell activation / glycolipid binding / galactose binding / エンドサイトーシス / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...CD209-like, C-type lectin-like domain / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 4 member F
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.792 Å
データ登録者Wen, Y. / Ouyang, Z. / Felix, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of ChinaNO.31870132 and NO.81741088 中国
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Trimeric structure of the mouse Kupffer cell C-type lectin receptor Clec4f.
著者: Ouyang, Z. / Felix, J. / Zhou, J. / Pei, Y. / Ma, B. / Hwang, P.M. / Lemieux, M.J. / Gutsche, I. / Zheng, F. / Wen, Y.
履歴
登録2019年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member F
B: C-type lectin domain family 4 member F
C: C-type lectin domain family 4 member F
D: C-type lectin domain family 4 member F
E: C-type lectin domain family 4 member F
F: C-type lectin domain family 4 member F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,79218
ポリマ－110,3116
非ポリマー48112
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9510 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area46170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)75.150, 75.190, 61.200
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 90.04, 120.06
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
C-type lectin domain family 4 member F / C-type lectin superfamily member 13 / C-type lectin 13 / Kupffer cell receptor


分子量: 18385.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clec4f, Clecsf13, Kclr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P70194
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M Potassium thiocyanate, 30% Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→32.6 Å / Num. obs: 27730 / % possible obs: 93.82 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.93
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KQG

3kqg


解像度: 2.792→32.559 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 37.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2925 2593 9.6 %
Rwork0.2502 --
obs0.2544 27010 93.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.792→32.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7370 0 12 6 7388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037610
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6910332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0714354
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7922-2.8430.54451110.47871124X-RAY DIFFRACTION80
2.843-2.89760.36441580.44331307X-RAY DIFFRACTION98
2.8976-2.95670.54471690.39291282X-RAY DIFFRACTION97
2.9567-3.0210.37231430.39471355X-RAY DIFFRACTION97
3.021-3.09120.34831350.35261310X-RAY DIFFRACTION97
3.0912-3.16850.3971250.3521301X-RAY DIFFRACTION96
3.1685-3.2540.33771570.31731402X-RAY DIFFRACTION97
3.254-3.34970.33031370.29871332X-RAY DIFFRACTION98
3.3497-3.45770.38371290.29011315X-RAY DIFFRACTION97
3.4577-3.58110.33091500.26341372X-RAY DIFFRACTION97
3.5811-3.72430.3076890.2965724X-RAY DIFFRACTION54
3.7243-3.89360.31041380.25341348X-RAY DIFFRACTION99
3.8936-4.09850.35821350.2421319X-RAY DIFFRACTION98
4.0985-4.35470.23351480.24591361X-RAY DIFFRACTION97
4.3547-4.690.2611510.20791304X-RAY DIFFRACTION97
4.69-5.16030.25451020.2141307X-RAY DIFFRACTION96
5.1603-5.90320.27311410.22121309X-RAY DIFFRACTION96
5.9032-7.42280.33581510.25131361X-RAY DIFFRACTION97
7.4228-32.56160.22931240.21851284X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 151.427 Å / Origin y: 82.1814 Å / Origin z: -36.1647 Å
111213212223313233
T0.956 Å20.0216 Å2-0.0017 Å2-0.9408 Å2-0.008 Å2--0.6105 Å2
L0.4767 °20.0714 °2-0.0128 °2-0.4848 °2-0.04 °2--0.1945 °2
S-0.0048 Å °-0.069 Å °0.0293 Å °0.1185 Å °-0.04 Å °0.0015 Å °-0.009 Å °-0.0019 Å °0.0391 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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