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- PDB-6jj8: Crystal structure of OsHXK6-ATP-Mg2+ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jj8
タイトルCrystal structure of OsHXK6-ATP-Mg2+ complex
要素Rice hexokinase 6
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Hexokinase ATP phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast outer membrane / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / response to glucose / glycolytic process ...chloroplast outer membrane / hexokinase / fructokinase activity / carbohydrate phosphorylation / glucokinase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / D-glucose binding / intracellular glucose homeostasis / response to glucose / glycolytic process / glucose metabolic process / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. ...Hexokinase; domain 1 / Hexokinase; domain 1 - #20 / Hexokinase / Hexokinase, binding site / Hexokinase, N-terminal / Hexokinase, C-terminal / Hexokinase / Hexokinase / Hexokinase domain signature. / Hexokinase domain profile. / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Hexokinase-6
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者He, C. / Wei, P. / Chen, J. / Wang, H. / Wan, Y. / Zhou, J. / Zhu, Y. / Huang, W. / Yin, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of OsHXK6-ATP-Mg2+ complex
著者: He, C. / Wei, P. / Chen, J. / Wang, H. / Wan, Y. / Zhou, J. / Zhu, Y. / Huang, W. / Yin, L.
履歴
登録2019年2月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Rice hexokinase 6
A: Rice hexokinase 6
B: Rice hexokinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,95412
ポリマ－153,3153
非ポリマー1,6399
水00
1
C: Rice hexokinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6514
ポリマ－51,1051
非ポリマー5463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
2
A: Rice hexokinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6514
ポリマ－51,1051
非ポリマー5463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area320 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
3
B: Rice hexokinase 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6514
ポリマ－51,1051
非ポリマー5463
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area19580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.989, 131.989, 185.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Rice hexokinase 6 / Hexokinase-2


分子量: 51105.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: HXK6, HXK2, Os01g0742500, LOC_Os01g53930, P0439E07.19
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LQ68, hexokinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 3 mM magnesium chloride, 2 mM ATP (Biosharp) , 0.1 M sodium cacodylate 6.5, 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 50% v/v PEG 200,

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.62 Å / Num. obs: 46450 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.02207 / Net I/σ(I): 21.16
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.09911 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique obs: 4559

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JJ7

6jj7


解像度: 2.8→48.62 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1997 4.3 %
Rwork0.207 --
obs0.2087 46450 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10767 0 99 0 10866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99414961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7216627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051938
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.870.31661400.2753127X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.94760.34791400.26753120X-RAY DIFFRACTION100
2.9476-3.03430.27141390.26623150X-RAY DIFFRACTION100
3.0343-3.13230.32481450.25683138X-RAY DIFFRACTION100
3.1323-3.24420.32211440.24993138X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.37410.31791430.2413129X-RAY DIFFRACTION100
3.3741-3.52760.27561380.22863157X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-3.71350.28591450.21933166X-RAY DIFFRACTION100
3.7135-3.94610.22811400.19833150X-RAY DIFFRACTION100
3.9461-4.25060.22921420.18723193X-RAY DIFFRACTION100
4.2506-4.6780.19441430.17093180X-RAY DIFFRACTION100
4.678-5.35420.21581470.1733191X-RAY DIFFRACTION100
5.3542-6.74290.2291410.213240X-RAY DIFFRACTION100
6.7429-48.62890.18811500.17073373X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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