プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.32→100 Å / Num. obs: 55347 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 82.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
CNS
1.2
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.32→29.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1851637.9 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.251
2816
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.195
-
-
-
obs
0.195
55347
94.6 %
-
溶媒の処理
Bsol: 41.36 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Biso mean: 25.1 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
7.06 Å2
0 Å2
-4.64 Å2
2-
-
-4.56 Å2
0 Å2
3-
-
-
-2.5 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.33 Å
0.25 Å
Luzzati d res low
-
5 Å
Luzzati sigma a
0.33 Å
0.27 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.32→29.76 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
9184
0
217
756
10157
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d
0.008
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg
1.3
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d
23.4
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d
0.82
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
c_mcbond_it
1.27
1.5
X-RAY DIFFRACTION
c_mcangle_it
2.05
2
X-RAY DIFFRACTION
c_scbond_it
2.25
2
X-RAY DIFFRACTION
c_scangle_it
3.17
2.5
LS精密化 シェル
解像度: 2.32→2.47 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6