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- PDB-6jhk: Crystal Structure of Bacillus subtilis RsbS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jhk
タイトルCrystal Structure of Bacillus subtilis RsbS
要素RsbS negative regulator of sigma-B
キーワードPROTEIN BINDING / RsbS / stressosome / icosahedron / STAS domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / STAS domain / Transcription Regulator spoIIAA / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RsbS negative regulator of sigma-B / RsbT antagonist protein RsbS
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.101 Å
Model detailsCrystal structure of icosahedral BsRsbS
データ登録者Kwon, E. / Pathak, D. / Dahal, P. / Kim, D.Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea) 韓国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: Structural insights into stressosome assembly.
著者: Eunju Kwon / Deepak Pathak / Han-Ul Kim / Pawan Dahal / Sung Chul Ha / Seung Sik Lee / Hyeongseop Jeong / Dooil Jeoung / Hyeun Wook Chang / Hyun Suk Jung / Dong Young Kim /
要旨: The stressosome transduces environmental stress signals to SigB to upregulate SigB-dependent transcription, which is required for bacterial viability. The stressosome core is composed of RsbS and at ...The stressosome transduces environmental stress signals to SigB to upregulate SigB-dependent transcription, which is required for bacterial viability. The stressosome core is composed of RsbS and at least one of the RsbR paralogs. A previous cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the RsbRA-RsbS complex determined under a 2 symmetry restraint showed that the stressosome core forms a pseudo-icosahedron consisting of 60 STAS domains of RsbRA and RsbS. However, it is still unclear how RsbS and one of the RsbR paralogs assemble into the stressosome. Here, an assembly model of the stressosome is presented based on the crystal structure of the RsbS icosahedron and cryo-EM structures of the RsbRA-RsbS complex determined under diverse symmetry restraints (nonsymmetric 1, dihedral 2 and icosahedral envelopes). 60 monomers of the crystal structure of RsbS fitted well into the -restrained cryo-EM structure determined at 4.1 Å resolution, even though the STAS domains in the envelope were averaged. This indicates that RsbS and RsbRA share a highly conserved STAS fold. 22 protrusions observed in the 1 envelope, corresponding to dimers of the RsbRA N-domain, allowed the STAS domains of RsbRA and RsbS to be distinguished in the stressosome core. Based on these, the model of the stressosome core was reconstructed. The mutation of RsbRA residues at the binding interface in the model (R189A/Q191A) significantly reduced the interaction between RsbRA and RsbS. These results suggest that nonconserved residues in the conserved STAS folds between RsbS and RsbR paralogs determine stressosome assembly.
履歴
登録2019年2月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RsbS negative regulator of sigma-B
B: RsbS negative regulator of sigma-B
C: RsbS negative regulator of sigma-B
D: RsbS negative regulator of sigma-B
E: RsbS negative regulator of sigma-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,7235
ポリマ－67,7235
非ポリマー00
水00
1
A: RsbS negative regulator of sigma-B

B: RsbS negative regulator of sigma-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0892
ポリマ－27,0892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
Buried area1450 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11680 Å2
2
C: RsbS negative regulator of sigma-B

C: RsbS negative regulator of sigma-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0892
ポリマ－27,0892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11630 Å2
3
D: RsbS negative regulator of sigma-B

E: RsbS negative regulator of sigma-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0892
ポリマ－27,0892
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_746-z+2,x-1,-y+11
Buried area1490 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11500 Å2
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area26350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.201, 179.201, 179.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: タンパク質
RsbS negative regulator of sigma-B / RsbT antagonist protein RsbS


分子量: 13544.638 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌)
遺伝子: B4122_0858, B4417_4413, CJ481_02205, ETA10_02695, ETK61_02665, ETK71_02600
プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: A0A063XHI7, UniProt: P42410*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 6 / 詳細: MPD, LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 17310 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.97 % / Biso Wilson estimate: 92.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 38.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.546 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique obs: 851 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_2313精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.101→29.867 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1732 10.02 %
Rwork0.2102 --
obs0.2131 17280 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 145.96 Å2 / Biso mean: 82.3339 Å2 / Biso min: 51.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.101→29.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4437 0 0 0 4437
残基数----576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044473
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7176081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049796
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2772741
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1008-3.19190.32181450.287912851430100
3.1919-3.29480.35321400.293912991439100
3.2948-3.41240.29351450.284312891434100
3.4124-3.54880.31581470.260513171464100
3.5488-3.710.22961480.217712991447100
3.71-3.90520.24091420.225213141456100
3.9052-4.14930.24871490.2212871436100
4.1493-4.46870.21321440.18213011445100
4.4687-4.91660.20281490.18513091458100
4.9166-5.6240.23471510.204613211472100
5.624-7.07010.2551450.225613301475100
7.0701-29.86820.20711270.16971197132487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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