PDB-6jha: Crystal structure of NADPH bound AerF from Microcystis aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jha

タイトル

Crystal structure of NADPH bound AerF from Microcystis aeruginosa

要素

Short chain dehydrogenase family protein

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Microcystis aeruginosa DIANCHI905 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Qiu, X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and functional investigation of AerF, a NADPH-dependent alkenal double bond reductase participating in the biosynthesis of Choi moiety of aeruginosin
著者: Qiu, X. / Wei, Y. / Zhu, W. / Fu, J. / Duan, X. / Jin, H. / Zhu, P. / Zhou, C. / Yan, X.

履歴

登録	2019年2月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jha.cif.gz	119.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jha.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jha_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jha_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6jha_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	6jha_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/6jha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/6jha	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jh7SC 6jhbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jhb-1 2hq1-1 5x8h-d 6i9v-1 6pzn-d 5o30-4 6i9u-1 6i9u-3 4qec-2 4qed-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase family protein

B: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Short chain dehydrogenase family protein

B: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

A: Short chain dehydrogenase family protein

B: Short chain dehydrogenase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.625, 101.625, 115.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-468- HOH

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase family protein / AerF 分子量: 30341.568 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa DIANCHI905 (バクテリア) 遺伝子: aerF, C789_498 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L8NWH6
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.01 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na HEPES pH7.5, 25 % (w/v) PEG2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 57850 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 35.451
反射シェル	解像度: 1.78→1.81 Å / R_merge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 3.165 / Num. unique obs: 2872 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6JH7

6jh7

解像度: 1.78→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.51 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23094	2877	5 %	RANDOM
R_work	0.18915	-	-	-
obs	0.19118	54164	97.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.518 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.09 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.78→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3757	0	104	258	4119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.685	1.999	5483
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.876	3	8887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.896	5	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.777	25.6	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.649	15	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.93	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	654
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.223	2.831	2046
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.217	2.83	2045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.066	4.225	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.066	4.226	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.932	3.179	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.932	3.179	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.458	4.64	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.166	23.786	4727
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.166	23.787	4727
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.781→1.827 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.339	188	-
R_work	0.281	3995	-
obs	-	-	98.63 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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