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- PDB-6jh5: Structure of Marine bacterial laminarinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jh5
タイトルStructure of Marine bacterial laminarinase
要素LamCAT
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Jelly Rolls - #200 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Aquimarina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Yang, J. / Xu, Y. / Miyakawa, T. / Ru, L. / Tanokura, M. / Long, L.
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Substrate Recognition and Catalysis by a Marine Bacterial Laminarinase.
著者: Yang, J. / Xu, Y. / Miyakawa, T. / Long, L. / Tanokura, M.
履歴
登録2019年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.42023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LamCAT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8752
ポリマ－27,8351
非ポリマー401
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.775, 101.879, 75.529
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-417-

HOH

21A-609-

HOH

31A-693-

HOH

41A-755-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LamCAT


分子量: 27834.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquimarina (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% (v/v) ethonal, 100 mM MES pH7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→55.85 Å / Num. obs: 34923 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 32.3
反射 シェル解像度: 1.54→1.56 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 739 / % possible all: 39.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4crq

4crq


解像度: 1.54→55.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU B: 1.201 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17462 1725 4.9 %RANDOM
Rwork0.14964 ---
obs0.15091 33173 90.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.6 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.54→55.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1867 0 1 367 2235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021685
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.8782623
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06133850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5995231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33324.466103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.9215285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.808158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.022271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02519
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.491.583927
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4531.582926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1952.3711157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1942.3731158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4211.768998
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.421.77999
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5542.5821467
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.97815.3972573
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.18814.1362374
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.538→1.578 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 52 -
Rwork0.209 1183 -
obs--44.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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