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- PDB-6jgy: Crystal structure of LASV-GP2 in a post fusion conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jgy
タイトルCrystal structure of LASV-GP2 in a post fusion conformation
要素Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
キーワードVIRAL PROTEIN / LASV / GP2
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Pre-glycoprotein polyprotein GP complex
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa mammarenavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.389 Å
データ登録者Zhu, Y. / Zhang, X. / Chen, B. / Ye, S. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Refolding Fusion Core of Lassa Virus GP2 and Design of Lassa Virus Fusion Inhibitors.
著者: Zhang, X. / Wang, C. / Chen, B. / Wang, Q. / Xu, W. / Ye, S. / Jiang, S. / Zhu, Y. / Zhang, R.
履歴
登録2019年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1091
ポリマ－15,1091
非ポリマー00
水00
1
A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex

A: Pre-glycoprotein polyprotein GP complex


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3283
ポリマ－45,3283
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-y+1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_765-x+y+2,-x+1,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area17970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.713, 58.713, 286.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / GP2 / Pre-GP-C


分子量: 15109.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 遺伝子: GP, GPC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6GWS0, UniProt: P08669*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.17 M Ammonium Acetate, 0.085 M Sodium Citrate:HCl, pH 5.6, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.389→38.037 Å / Num. obs: 2839 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 19.15
反射 シェル解像度: 3.4→3.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5OMI

5omi


解像度: 3.389→38.037 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 135 4.76 %
Rwork0.2327 --
obs0.2346 2839 97.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.389→38.037 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数873 0 0 0 873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2141197
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.712542
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006154
LS精密化 シェル最高解像度: 3.389 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 135 -
Rwork0.2327 2704 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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