PDB-6jg9: Crystal structure of AimR in complex with arbitrium peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jg9

タイトル

Crystal structure of AimR in complex with arbitrium peptide

要素

AimR transcriptional regulator
arbitrium peptide

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN/PEPTIDE / AimR / Apo / HTH / PEPTIDE BINDING PROTEIN / PEPTIDE BINDING PROTEIN-PEPTIDE complex

機能・相同性

: / latency-replication decision / AimR transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Bacillus phage SPbeta (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.998 Å

データ登録者

Guan, Z.Y. / Pei, K. / Zou, T.T.

引用

ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Structural insights into DNA recognition by AimR of the arbitrium communication system in the SPbeta phage.
著者: Guan, Z.Y. / Pei, K. / Wang, J. / Cui, Y.Q. / Zhu, X. / Su, X. / Zhou, Y.B. / Zhang, D.L. / Tang, C. / Yin, P. / Liu, Z. / Zou, T.T.

履歴

登録	2019年2月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jg9.cif.gz	337.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jg9.ent.gz	275.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jg9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jg9_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jg9_full_validation.pdf.gz	480.8 KB	表示
XML形式データ	6jg9_validation.xml.gz	34.7 KB	表示
CIF形式データ	6jg9_validation.cif.gz	49.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/6jg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jg/6jg9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jg5C 6jg8C 5xybS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ipx-1 6jg5-d 5zw6-d 5zw5-d 1iyw-2 4qvh-1 1iyw-1 4cgy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AimR transcriptional regulator

C: arbitrium peptide

B: AimR transcriptional regulator

D: arbitrium peptide

94.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.926, 213.996, 33.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-528- HOH

#1: タンパク質	AimR transcriptional regulator / Arbitrium communication peptide receptor / YopK protein 分子量: 46575.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPbeta (ファージ) / 遺伝子: aimR, yopK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O64094
#2: タンパク質・ペプチド	arbitrium peptide 分子量: 588.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus phage SPbeta (ファージ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium cacodylate, PEG 8000, NaBr, DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→46.123 Å / Num. obs: 60685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / Net I/σ(I): 39.1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14rc3_3206: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XYB

5xyb

解像度: 1.998→46.123 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2488	2973	4.91 %
R_work	0.2134	-	-
obs	0.2151	60586	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.998→46.123 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6475	0	0	406	6881

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.094	8861
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.016	2505
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	976
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.998-2.0308	0.315	152	0.2767	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0308-2.0658	0.3595	139	0.2699	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0658-2.1033	0.2762	145	0.2519	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1033-2.1438	0.3019	128	0.2462	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1438-2.1876	0.3324	155	0.2531	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1876-2.2351	0.2641	155	0.2397	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2351-2.2871	0.2435	124	0.2381	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2871-2.3443	0.2697	140	0.239	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3443-2.4077	0.324	144	0.2443	2768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4077-2.4785	0.296	139	0.2398	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4785-2.5585	0.2977	135	0.2392	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5585-2.65	0.2925	129	0.2428	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.7561	0.2852	154	0.2295	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7561-2.8815	0.2906	137	0.2223	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8815-3.0334	0.2536	133	0.2245	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0334-3.2234	0.2693	125	0.2183	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2234-3.4722	0.2276	155	0.2109	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4722-3.8214	0.2337	144	0.2029	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8214-4.374	0.2062	138	0.171	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.374-5.5094	0.2085	164	0.1852	2845	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5094-46.1354	0.1863	138	0.1905	3020	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.5016 Å / Origin y: 42.5346 Å / Origin z: 14.3026 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2091 Å²	-0.0047 Å²	-0.0268 Å²	-	0.2011 Å²	0.0013 Å²	-	-	0.2378 Å²
L	0.6329 °²	0.3743 °²	0.1189 °²	-	1.5255 °²	0.436 °²	-	-	0.2628 °²
S	-0.0319 Å °	0.0356 Å °	0.2672 Å °	-0.0631 Å °	-0.0846 Å °	0.5008 Å °	-0.0601 Å °	-0.0171 Å °	0.0558 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)