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万見
- PDB-6jfr: K3U bound crystal structure of class II peptide deformylase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jfr
タイトルK3U bound crystal structure of class II peptide deformylase from methicillin resistant Staphylococcus aureus
要素Peptide deformylase
キーワードHYDROLASE / peptide deformylase
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide Deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase / Peptide deformylase superfamily / Polypeptide deformylase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K3U / NICKEL (II) ION / Peptide deformylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: K3U bound crystal structure of class II peptide deformylase from methicillin resistant Staphylococcus aureus
著者: Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W.
履歴
登録2019年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptide deformylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0724
ポリマ－20,5891
非ポリマー4843
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.792, 120.709, 47.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase


分子量: 20588.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: CCARM3089 / 遺伝子: def, def1, pdf1 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68826, peptide deformylase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-K3U / S-(2-oxo-2-phenylethyl) (2R)-2-benzyl-4,4,4-trifluorobutanethioate


分子量: 366.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17F3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 0.02M CaCl2, 0.1M MgCl2, 15% (v/v) Glycerol, 25% (w/v) PEG 4K, 0.05M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 10475 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.132 / Χ2: 6.366 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.442.90.2664820.7920.1620.3131.97788.6
2.44-2.4930.2564850.7650.1540.3012.19188
2.49-2.5330.2444740.8150.1450.2872.08391.2
2.53-2.593.30.2315080.8590.1330.2692.21891.2
2.59-2.643.40.2164910.8760.1210.2492.28189.4
2.64-2.73.60.2044650.8890.1110.2342.45491.2
2.7-2.773.60.2015080.9370.1090.232.70991.7
2.77-2.853.70.1755040.9460.0920.1992.53691.6
2.85-2.933.90.1665130.9650.0840.1873.24293.4
2.93-3.024.40.1525130.9720.0730.173.52294.5
3.02-3.134.60.1455320.9790.0670.163.78296
3.13-3.264.90.1385130.9840.0630.1524.05995.5
3.26-3.415.30.1345440.9810.0590.1475.24297.8
3.41-3.585.70.1275510.9810.0540.1385.92198.7
3.58-3.816.10.135460.9880.0540.1418.34198.9
3.81-4.16.20.1355530.9860.0540.14511.49499.5
4.1-4.526.50.125630.9850.0480.12912.36499.1
4.52-5.176.50.1025560.9920.0410.119.76399.1
5.17-6.516.50.0915680.9920.0370.0987.41498.6
6.51-506.70.0846060.9950.0330.098.4697.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LM4

1lm4


解像度: 2.4→49.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 8.215 / SU ML: 0.181 / SU R Cruickshank DPI: 0.296 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.242
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 541 5.2 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2026 9930 94.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.3 Å2 / Biso mean: 35.356 Å2 / Biso min: 17.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1409 0 27 18 1454
Biso mean--86.66 30.72 -
残基数----183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191461
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8061.9831983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03533126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9495182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49724.46265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34415243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.454159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02276
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.465 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 27 -
Rwork0.338 667 -
all-694 -
obs--87.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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