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- PDB-6jeq: Crystal structure of Pullulanase from Paenibacillus barengoltzii ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jeq
タイトルCrystal structure of Pullulanase from Paenibacillus barengoltzii complex with beta-cyclodextrin
要素Pulullanase
キーワードHYDROLASE / GH13 / Pullulanase / beta-cyclodextrin
機能・相同性
機能・相同性情報


pullulanase / pullulanase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Pullulanase, all-beta domain / Pullulanase, type I / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin E-set ...: / Pullulanase, all-beta domain / Pullulanase, type I / Glycoside hydrolase, family 13, N-terminal / Carbohydrate-binding module 48 (Isoamylase N-terminal domain) / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Pulullanase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.802 Å
データ登録者Wu, S.W. / Yang, S.Q. / Qin, Z. / You, X. / Huang, P. / Jiang, Z.Q.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Structural basis of carbohydrate binding in domain C of a type I pullulanase from Paenibacillus barengoltzii.
著者: Huang, P. / Wu, S. / Yang, S. / Yan, Q. / Jiang, Z.
履歴
登録2019年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年2月20日ID: 5WW1
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.country ..._chem_comp.type / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pulullanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,55815
ポリマ－75,1841
非ポリマー4,37414
水10,467581
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area23790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.108, 97.866, 141.027
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質 Pulullanase


分子量: 75183.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-4 (MLSV) and 637-657 (GASGEAAAAAPAAAGGPPAG) had low-level electron density and were not included in the model.
由来: (組換発現) Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0C5GWS2, pullulanase
#2: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

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非ポリマー , 6種, 592分子

#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 581 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.08M calcium chloride, 0.1M MES, 22% PEG 3350, 0.7% beta-OG, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 90-100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.802→50 Å / Num. obs: 64360 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.802→1.84 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.548 / Mean I/σ(I) obs: 4.833 / Num. unique obs: 3295 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E8Y

2e8y


解像度: 1.802→47.216 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1974 3233 5.02 %
Rwork0.1613 --
obs0.1631 64343 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.802→47.216 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5165 0 287 581 6033
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8787773
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.784581
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055887
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8023-1.82920.2701950.18612190X-RAY DIFFRACTION83
1.8292-1.85780.21211500.1752665X-RAY DIFFRACTION100
1.8578-1.88830.21651610.17272573X-RAY DIFFRACTION100
1.8883-1.92080.21731250.16852693X-RAY DIFFRACTION100
1.9208-1.95580.23261460.16892600X-RAY DIFFRACTION100
1.9558-1.99340.23071370.16332670X-RAY DIFFRACTION100
1.9934-2.03410.22761290.16452654X-RAY DIFFRACTION100
2.0341-2.07830.20421300.162680X-RAY DIFFRACTION100
2.0783-2.12670.21641330.15312635X-RAY DIFFRACTION100
2.1267-2.17980.18981390.1572667X-RAY DIFFRACTION100
2.1798-2.23880.18621350.15222646X-RAY DIFFRACTION100
2.2388-2.30460.20111370.15782655X-RAY DIFFRACTION100
2.3046-2.3790.19891540.15822677X-RAY DIFFRACTION100
2.379-2.46410.21461610.16452615X-RAY DIFFRACTION100
2.4641-2.56270.20661360.16672686X-RAY DIFFRACTION100
2.5627-2.67930.25921340.17122683X-RAY DIFFRACTION100
2.6793-2.82060.20711520.17562671X-RAY DIFFRACTION100
2.8206-2.99730.21091330.17722691X-RAY DIFFRACTION100
2.9973-3.22860.22381560.17392669X-RAY DIFFRACTION100
3.2286-3.55350.19071340.15742724X-RAY DIFFRACTION100
3.5535-4.06740.1671700.14312701X-RAY DIFFRACTION100
4.0674-5.12350.14691370.13412769X-RAY DIFFRACTION100
5.1235-47.23240.18321490.17862896X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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