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- PDB-6jdz: Ligand complex structure of GH10 family xylanase XynAF1, soaking ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jdz
タイトルLigand complex structure of GH10 family xylanase XynAF1, soaking for 20 minutes
要素Beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / GH10 family / Thermophbilic
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 ...CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Glycosyl hydrolases family 10 (GH10) domain profile. / Glycoside hydrolase family 10 / Glycoside hydrolase family 10 domain / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosyl hydrolase family 10 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus Z5 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Li, G. / Miao, Y. / Zhang, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GH10 family xylanase XynAF1 from Aspergillus fumigatus Z5
著者: Li, G. / Miao, Y. / Zhang, R.
履歴
登録2019年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_atom_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-xylanase
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,24417
ポリマ－68,6992
非ポリマー2,54515
水10,953608
1
A: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7139
ポリマ－34,3491
非ポリマー1,3638
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
2
B: Beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5318
ポリマ－34,3491
非ポリマー1,1827
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.353, 57.365, 64.845
Angle α, β, γ (deg.)73.940, 80.580, 68.620
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-xylanase / beta-1 / 4-xylanase


分子量: 34349.352 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus Z5 (カビ) / 遺伝子: Y699_04481 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A0J5Q413, endo-1,4-beta-xylanase

-
糖 , 2種, 6分子

#2: 多糖
beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O3>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 617分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH6.5, 25%(w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→62.16 Å / Num. obs: 180455 / % possible obs: 91.28 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 10.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 19.28
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 2.625 / % possible all: 88.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.16→62.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.516 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.035
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY 2. The unusual chirality concerning XYP 504 was due to that O4A atom of XYP 504 was captured by residue ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY 2. The unusual chirality concerning XYP 504 was due to that O4A atom of XYP 504 was captured by residue ARG 246 and formed 3 H-bonds. The unusual chirality concerning XYP 502 was due to that the O2B, O3B and O4B atoms were fixed by protein through 7 H-bonds.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1569 8963 5 %RANDOM
Rwork0.1373 ---
obs0.1383 171492 91.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.61 Å2 / Biso mean: 12.716 Å2 / Biso min: 6.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å2-0.14 Å20.35 Å2
2--0.01 Å20.26 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→62.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4870 0 137 608 5615
Biso mean--28.3 23.61 -
残基数----640
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.025339
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5261.9557312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28311283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0585692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74125.514214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.29115786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.35156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2340.2825
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.026142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021212
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 620 -
Rwork0.237 12317 -
all-12937 -
obs--88.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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