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万見
- PDB-6jd7: Crystal structure of anti-CRISPR protein AcrIIC2 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jd7
タイトルCrystal structure of anti-CRISPR protein AcrIIC2 dimer
要素AcrIIC2
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / CRISPR-Cas9 / Nme1Cas9 / NmeCas9 / anti-CRISPR / AcrIIC2
機能・相同性ACETATE ION / :
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Cheng, Z. / Huang, X. / Sun, W. / Wang, Y.L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31725008 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Inhibition of CRISPR-Cas9 ribonucleoprotein complex assembly by anti-CRISPR AcrIIC2.
著者: Thavalingam, A. / Cheng, Z. / Garcia, B. / Huang, X. / Shah, M. / Sun, W. / Wang, M. / Harrington, L. / Hwang, S. / Hidalgo-Reyes, Y. / Sontheimer, E.J. / Doudna, J. / Davidson, A.R. / ...著者: Thavalingam, A. / Cheng, Z. / Garcia, B. / Huang, X. / Shah, M. / Sun, W. / Wang, M. / Harrington, L. / Hwang, S. / Hidalgo-Reyes, Y. / Sontheimer, E.J. / Doudna, J. / Davidson, A.R. / Moraes, T.F. / Wang, Y. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年12月30日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_keywords
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AcrIIC2
B: AcrIIC2
C: AcrIIC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6745
ポリマ－42,5903
非ポリマー832
水2,306128
1
A: AcrIIC2
B: AcrIIC2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4774
ポリマ－28,3942
非ポリマー832
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12850 Å2
手法PISA
2
C: AcrIIC2

C: AcrIIC2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3942
ポリマ－28,3942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area2630 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.559, 73.532, 81.087
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 AcrIIC2


分子量: 14196.830 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis 8013 (髄膜炎菌)
遺伝子: CIJ84_02100 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3E2QCQ3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6.5
詳細: 0.05M Na cacodylate pH 6.5, 0.1M Ammonium acetate, 0.015M Mg acetate, 10% Isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 17826 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.972 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 4.57 / Num. unique obs: 855 / CC1/2: 0.959 / Rrim(I) all: 0.321 / Χ2: 0.905 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3247: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→39.992 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 937 5.41 %
Rwork0.1939 --
obs0.1941 17318 98.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→39.992 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2773 0 5 128 2906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.022848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4793854
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.2151057
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.279400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.57920.24421310.24172139X-RAY DIFFRACTION91
2.5792-2.74070.25481350.22642322X-RAY DIFFRACTION99
2.7407-2.95230.21411170.21812389X-RAY DIFFRACTION100
2.9523-3.24930.1921370.21092373X-RAY DIFFRACTION100
3.2493-3.71920.17041590.18722344X-RAY DIFFRACTION100
3.7192-4.68460.16691060.15922412X-RAY DIFFRACTION100
4.6846-39.99750.20871520.19252402X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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