+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jc8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of aminotransferase CrmG from Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 in complex with amino donor L-Glu | ||||||
要素 | CrmG | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / aminotransferase / CrmG / Amino donor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, J. / Liu, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020 タイトル: Structural studies reveal flexible roof of active site responsible for omega-transaminase CrmG overcoming by-product inhibition. 著者: Xu, J. / Tang, X. / Zhu, Y. / Yu, Z. / Su, K. / Zhang, Y. / Dong, Y. / Zhu, W. / Zhang, C. / Wu, R. / Liu, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jc8.cif.gz | 404.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6jc8.ent.gz | 329.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jc8_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6jc8_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6jc8_validation.xml.gz | 75.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jc8_validation.cif.gz | 103.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/6jc8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 522 / Label seq-ID: 6 - 522
NCSアンサンブル:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57219.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8Y6N2 #2: 化合物 | ChemComp-PL6 / ( #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 % / Mosaicity: 0.48 ° |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M TRIS pH 8.5, 32% PEG 3350, 2% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.25→49.46 Å / Num. obs: 96761 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.141 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 380457 / Scaling rejects: 145 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5DDS 解像度: 2.25→49.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2049 / WRfactor Rwork: 0.1682 / FOM work R set: 0.8386 / SU B: 6.451 / SU ML: 0.153 / SU R Cruickshank DPI: 0.3274 / SU Rfree: 0.2114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.327 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.05 Å2 / Biso mean: 29.293 Å2 / Biso min: 10.22 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→49.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|