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- PDB-6jc6: Crystal structure of the purple chromoprotein of Stichodactyla ha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jc6
タイトルCrystal structure of the purple chromoprotein of Stichodactyla haddoni with a Glu-Tyr-Gly tri-peptide chromophore
要素shCP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Sea anemone / Green fluorescent protein / UV absorption / emission spectra / biomarker
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / shCP
機能・相同性情報
生物種Stichodactyla haddoni (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ko, T.P. / Huang, K.F. / Chang, H.Y.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Academia Sinica (Taiwan)104-2311-B-110-002-MY2 台湾
Academia Sinica (Taiwan)AS-KPQ-105-TPP 台湾
Academia Sinica (Taiwan)107-0210-01-19-04 台湾
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the blue fluorescent protein with a Leu-Leu-Gly tri-peptide chromophore derived from the purple chromoprotein of Stichodactyla haddoni.
著者: Chang, H.Y. / Ko, T.P. / Chang, Y.C. / Huang, K.F. / Lin, C.Y. / Chou, H.Y. / Chiang, C.Y. / Tsai, H.J.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: shCP
B: shCP
C: shCP
D: shCP
E: shCP
F: shCP
G: shCP
H: shCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,1668
ポリマ－209,1668
非ポリマー00
水32,4091799
1
A: shCP
C: shCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2922
ポリマ－52,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17950 Å2
手法PISA
2
B: shCP
D: shCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2922
ポリマ－52,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
3
E: shCP
G: shCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2922
ポリマ－52,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18000 Å2
手法PISA
4
F: shCP
H: shCP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2922
ポリマ－52,2922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.882, 98.330, 197.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.37, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-652-

HOH

21D-585-

HOH

31F-459-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
shCP


分子量: 26145.812 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stichodactyla haddoni (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V8H023*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M lithium acetate and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→29.9 Å / Num. obs: 143275 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Num. unique obs: 14815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YZW

1yzw


解像度: 1.9→27.936 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.99
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2198 2038 1.42 %
Rwork0.1887 --
obs0.1891 143275 93.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.936 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14122 0 0 1806 15928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00414828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80920051
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6528861
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522082
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042597
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8999-1.94410.3039610.26794081X-RAY DIFFRACTION41
1.9441-1.99270.2784980.25667634X-RAY DIFFRACTION76
1.9927-2.04650.26791500.23929365X-RAY DIFFRACTION94
2.0465-2.10670.26771370.23489805X-RAY DIFFRACTION98
2.1067-2.17470.28071380.23329953X-RAY DIFFRACTION100
2.1747-2.25240.27921390.2319974X-RAY DIFFRACTION100
2.2524-2.34250.25921420.216910042X-RAY DIFFRACTION100
2.3425-2.44910.24721500.210410041X-RAY DIFFRACTION100
2.4491-2.57810.25161400.21269957X-RAY DIFFRACTION100
2.5781-2.73950.23291430.198410054X-RAY DIFFRACTION100
2.7395-2.95080.22891400.199110004X-RAY DIFFRACTION100
2.9508-3.24740.19651530.186710025X-RAY DIFFRACTION100
3.2474-3.71640.20311380.158710024X-RAY DIFFRACTION100
3.7164-4.67870.16271520.140410111X-RAY DIFFRACTION100
4.6787-27.93950.18921570.157410167X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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