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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jc5 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the blue fluorescent protein with a Leu-Leu-Gly tri-peptide chromophore derived from the purple chromoprotein of Stichodactyla haddoni | ||||||||||||
![]() | shBFP | ||||||||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / Sea anemone / Green fluorescent protein / UV absorption / emission spectra / biomarker | ||||||||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / shBFP![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Ko, T.P. / Huang, K.F. / Chang, H.Y. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the blue fluorescent protein with a Leu-Leu-Gly tri-peptide chromophore derived from the purple chromoprotein of Stichodactyla haddoni. 著者: Chang, H.Y. / Ko, T.P. / Chang, Y.C. / Huang, K.F. / Lin, C.Y. / Chou, H.Y. / Chiang, C.Y. / Tsai, H.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 381.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 313.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 72.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26083.873 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEB | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1M calcium acetate, 50% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 163562 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / Rmerge(I) obs: 0.668 / Num. unique obs: 12147 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JC6 解像度: 2.051→28.205 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.9
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.051→28.205 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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