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万見
- PDB-6jbr: Tps1/UDP/T6P complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jbr
タイトルTps1/UDP/T6P complex
要素Trehalose-6-phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Trehalose-6-phosphate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming) activity / alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase complex (UDP-forming) / trehalose-phosphatase activity / ascospore formation / trehalose biosynthetic process / trehalose metabolism in response to stress / cellular response to heat / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase / Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose-6-phosphate / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Trehalose-6-phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyricularia oryzae 70-15 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Wang, S. / Zhao, Y. / Wang, D. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFD0300700 中国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of Magnaporthe oryzae trehalose-6-phosphate synthase (MoTps1) suggest a model for catalytic process of Tps1.
著者: Wang, S. / Zhao, Y. / Yi, L. / Shen, M. / Wang, C. / Zhang, X. / Yang, J. / Peng, Y.L. / Wang, D. / Liu, J.
履歴
登録2019年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02023年11月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose-6-phosphate synthase
B: Trehalose-6-phosphate synthase
D: Trehalose-6-phosphate synthase
F: Trehalose-6-phosphate synthase
H: Trehalose-6-phosphate synthase
K: Trehalose-6-phosphate synthase
M: Trehalose-6-phosphate synthase
O: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,71324
ポリマ－420,1028
非ポリマー6,61216
水34,5891920
1
A: Trehalose-6-phosphate synthase
B: Trehalose-6-phosphate synthase
D: Trehalose-6-phosphate synthase
O: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,35712
ポリマ－210,0514
非ポリマー3,3068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12230 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area65900 Å2
手法PISA
2
H: Trehalose-6-phosphate synthase
K: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子

F: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子

M: Trehalose-6-phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,35712
ポリマ－210,0514
非ポリマー3,3068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_454-x-1,y+1/2,-z-11
Buried area12250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area65770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.279, 172.493, 141.703
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

#1: タンパク質
Trehalose-6-phosphate synthase / UDP-glucose-glucosephosphate glucosyltransferase


分子量: 52512.719 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyricularia oryzae 70-15 (菌類) / 株: 70-15 / ATCC MYA-4617 / FGSC 8958 / 遺伝子: MGG_03860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: G4NHF4, alpha,alpha-trehalose-phosphate synthase (UDP-forming)
#2: 多糖
6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose-6-phosphate


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 422.277 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose-6-phosphate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_6*OPO/3O/3=O]/1-2/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{[(6+0)][P]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.9, 20% PEG 3350 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→30 Å / Num. obs: 305744 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 32.26
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.451 / Num. unique obs: 30304 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.195

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UQT

1uqt


解像度: 2.03→29.798 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 14918 4.88 %
Rwork0.211 --
obs0.212 305727 99.64 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→29.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29680 0 416 1920 32016
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.05 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 439 -
Rwork0.248 9395 -
obs--97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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