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- PDB-6jbk: Crystal structure of an actin monomer in complex with the nucleat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jbk
タイトルCrystal structure of an actin monomer in complex with the nucleator Cordon-Bleu WH2-motif peptide mutant. T22V
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • Peptide from Protein cordon-bleu
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/PROTEIN BINDING / WH2 / actin / sequestering / PROTEIN BINDING / STRUCTURAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


somite specification / floor plate development / actin filament network formation / embryonic axis specification / actin crosslink formation / notochord development / collateral sprouting in absence of injury / digestive tract development / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of dendrite development ...somite specification / floor plate development / actin filament network formation / embryonic axis specification / actin crosslink formation / notochord development / collateral sprouting in absence of injury / digestive tract development / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of dendrite development / cytoskeletal motor activator activity / myosin heavy chain binding / tropomyosin binding / actin filament bundle / troponin I binding / filamentous actin / dendritic growth cone / mesenchyme migration / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin monomer binding / axonal growth cone / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / ruffle / actin filament polymerization / actin filament / neural tube closure / filopodium / liver development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / actin cytoskeleton organization / cell cortex / cytoskeleton / hydrolase activity / axon / protein domain specific binding / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cordon-bleu, ubiquitin-like domain / Protein cordon-bleu-like / Cordon-bleu ubiquitin-like domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH2 domain profile. / WH2 domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. ...Cordon-bleu, ubiquitin-like domain / Protein cordon-bleu-like / Cordon-bleu ubiquitin-like domain / Wiskott Aldrich syndrome homology region 2 / WH2 motif / WH2 domain profile. / WH2 domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin, alpha skeletal muscle / Protein cordon-bleu
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Scipion, C.P.M. / Robinson, R.C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design of an actin-severing peptide
著者: Scipion, C.P.M. / Robinson, R.C.
履歴
登録2019年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Peptide from Protein cordon-bleu
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Peptide from Protein cordon-bleu
E: Actin, alpha skeletal muscle
F: Peptide from Protein cordon-bleu
G: Actin, alpha skeletal muscle
H: Peptide from Protein cordon-bleu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,44020
ポリマ－178,0918
非ポリマー2,34912
水8,017445
1
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Peptide from Protein cordon-bleu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1105
ポリマ－44,5232
非ポリマー5873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
2
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Peptide from Protein cordon-bleu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1105
ポリマ－44,5232
非ポリマー5873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
3
E: Actin, alpha skeletal muscle
F: Peptide from Protein cordon-bleu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1105
ポリマ－44,5232
非ポリマー5873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
4
G: Actin, alpha skeletal muscle
H: Peptide from Protein cordon-bleu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1105
ポリマ－44,5232
非ポリマー5873
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area16130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.220, 81.192, 89.869
Angle α, β, γ (deg.)90.62, 107.19, 109.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 42109.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ACTA1, ACTA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide from Protein cordon-bleu


分子量: 2412.812 Da / 分子数: 4 / Mutation: T22V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cobl, Kiaa0633 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5NBX1
#3: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % / 解説: three-dimensional dagger blade like crystals
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20mM MES, pH 4.5, 0.2mM CaCl2.2H2O, 11% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→85.21 Å / Num. obs: 49603 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 1.9 % / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.493 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YPU

5ypu


解像度: 2.45→19.965 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2389 2473 5 %
Rwork0.1867 --
obs0.1893 49490 91.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→19.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11701 0 132 445 12278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512073
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00216382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2297261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4461-2.4930.2899840.23281740X-RAY DIFFRACTION61
2.493-2.54380.28871040.23572199X-RAY DIFFRACTION75
2.5438-2.5990.26931020.23682299X-RAY DIFFRACTION81
2.599-2.65940.34141070.2262561X-RAY DIFFRACTION88
2.6594-2.72570.26481450.21312656X-RAY DIFFRACTION94
2.7257-2.79920.25191610.2112779X-RAY DIFFRACTION96
2.7992-2.88130.27391470.21642747X-RAY DIFFRACTION97
2.8813-2.9740.29651490.22842719X-RAY DIFFRACTION96
2.974-3.080.27981410.21412774X-RAY DIFFRACTION96
3.08-3.20280.26071500.20372749X-RAY DIFFRACTION96
3.2028-3.34790.26871510.20712730X-RAY DIFFRACTION97
3.3479-3.52350.24411470.18722769X-RAY DIFFRACTION96
3.5235-3.74290.21021480.17532760X-RAY DIFFRACTION96
3.7429-4.02980.19961440.16482717X-RAY DIFFRACTION96
4.0298-4.43130.2291750.15492741X-RAY DIFFRACTION96
4.4313-5.06330.21561200.14242721X-RAY DIFFRACTION94
5.0633-6.34510.20791380.1842628X-RAY DIFFRACTION91
6.3451-19.96530.20211600.16322728X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.239-0.40330.12212.0638-0.34131.2559-0.0309-0.0646-0.04690.11190.0777-0.11280.04020.188-0.05520.2246-0.0152-0.03870.2209-0.0290.203410.616716.992420.3272
21.4325-0.7068-0.44761.2840.59251.755-0.0463-0.3080.28040.16280.2016-0.0489-0.10060.2974-0.16590.2754-0.05470.03160.266-0.03040.31220.973533.362927.5056
30.9721-0.34860.35230.92440.11870.94120.0047-0.05120.05890.0011-0.0660.14360.0152-0.22310.05390.1923-0.02320.01550.2502-0.00180.307-6.701626.837420.3752
45.1438-2.50260.79246.11363.89743.86170.60250.0245-0.2468-0.64930.0315-0.19230.14640.0585-0.42830.6399-0.0914-0.16160.362-0.06930.5068-7.11475.59416.8728
50.38390.20090.23652.15190.30832.22630.14980.01560.09620.21720.09210.11220.1066-0.08810.1010.3966-0.3079-0.0990.21870.1170.717-5.80154.34425.182
61.5538-0.1081-0.32032.0428-0.43831.26960.0105-0.0278-0.01660.151-0.1524-0.2709-0.15990.32420.1140.1901-0.0435-0.00620.28490.03890.2862-2.3541-21.485521.2477
70.6174-0.37250.12160.62540.78921.8123-0.00870.04440.24820.10580.0521-0.0296-0.12530.1235-0.07510.2872-0.05250.01020.19770.00610.3156-16.2632-7.188223.9201
80.2162-0.14440.15190.53250.36591.0115-0.00360.03230.04120.0109-0.09490.0677-0.1409-0.23460.08380.19660.02220.0090.26690.00070.271-26.2273-7.689522.8727
93.83131.3566-2.15850.5703-0.65761.31840.0650.5121-0.521-0.1121-0.1359-0.3305-0.0664-0.0430.01390.35650.03670.09060.3729-0.00170.3965-2.9419-31.94136.1118
104.6436-1.0767-0.21194.87691.71677.71530.4640.0743-0.8524-0.59110.2304-0.27870.4095-0.0012-0.48820.4671-0.01980.04210.322-0.04670.3813-21.8144-33.32846.8133
113.3050.23650.68373.2320.67691.41760.00450.01010.00050.3685-0.3428-0.1160.07220.36180.24680.417-0.19060.08470.32050.01280.5652-20.3975-34.221824.8349
122.12330.1757-0.50250.529-0.20520.98330.00740.12230.071-0.0514-0.01210.0146-0.1018-0.0347-0.00670.26750.02750.02870.1905-0.00690.1735-3.8506-18.1281-24.7165
131.6325-0.12390.07070.3108-0.12971.30580.0435-0.1154-0.1171-0.0665-0.1047-0.03430.09110.28850.06790.20350.02590.04110.18870.00790.21416.4913-24.4734-20.6056
143.7910.48960.30772.8221-1.41114.84140.9211-0.9819-0.49380.15850.36860.0703-0.0213-0.2189-0.78920.5608-0.0689-0.04710.3960.15050.7326-6.387-38.9497-7.2948
150.7896-0.77271.05921.2096-1.47962.2447-0.11220.1525-0.1358-0.3859-0.3697-0.01680.2654-0.46770.45240.66220.0287-0.10740.2521-0.04220.6452-7.5787-40.3296-25.4476
162.0218-0.25250.16691.09150.38331.7499-0.04790.11320.1095-0.3644-0.01390.0759-0.5566-0.1283-0.01220.50850.0462-0.05930.2432-0.00520.22672.488821.0245-22.9397
170.8079-0.0494-0.6497-0.1578-0.52592.90040.0353-0.05180.06970.0424-0.1003-0.0169-0.25930.4740.07370.3143-0.0435-0.04580.27440.00560.241926.43815.5652-25.3927
181.6047-1.2861-0.42723.47860.95672.05030.0118-0.5757-0.20610.28630.15070.3252-0.172-0.4731-0.13370.3483-0.0286-0.00830.42420.01640.3815-4.601913.6904-7.637
194.631.5602-0.42632.0391-2.76656.38391.1415-1.1119-0.22340.61610.11751.13030.0005-0.2339-0.7840.6033-0.14930.07780.49310.08690.57337.4276-0.2843-7.6607
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 217 through 348 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 349 through 372 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 66 through 77 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 78 through 87 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 5 through 232 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 233 through 372 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 66 through 76 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 77 through 87 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 5 through 145 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 146 through 348 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 349 through 372 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 66 through 76 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 77 through 87 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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